木叶五十一年，春。
“距离九尾之夜，已经不远了呢！”日向羽真心里想道。
抬头望了眼阴霾的天空，黑沉沉的穹顶，总让人心里生出几分压抑。
远处的影岩上第四颗头颅正在成型，下方的火影大楼中已经换了位新的主人。
“要抓紧时间了，大蛇丸也该把那个术给我了！”
几个跳跃后，日向羽真出现在密林深处一座地下基地的入口处。
两个身穿和暗部一样的服饰，脸上戴着画有油彩面具的忍者站在这里。
进行了例行检查，通行。
日向羽真熟稔的走向地下基地深处，那里有一座挂满了尸体的实验室。
血腥味从前方传来，夹杂着痛苦的哀嚎。
这里是木叶地下最深沉的黑暗——根部！
一年前，大蛇丸被解除了前线指挥官的职务，发配进了根部。
而今，他是根部首领志村团藏的副手，在团藏的支持下进行着一系列隐秘血腥的人体实验。
其中最重要的一项是：初代细胞研究！
日向羽真便是大蛇丸领导下的初代细胞研究小组成员之一，是大蛇丸最重要的副手。
日向羽真，日向分家忍者，出生于木叶三十七年春，不久前刚过完十四岁生日。
身为穿越者的他不出意外的父母双亡，孤身一人。
日向羽真在日向一族中是个异类。
别的日向族人从小到老，一辈子时间都在钻研柔拳，从来不分心其他，可以说专一到了极致。
而他不同，他对各个流派的体术都有涉猎。
别的日向忍者从来不研究查克拉的性质变化，他却在这上面花费了大量的时间。
刚上忍校不到一年，当卡卡西骄傲地宣布忍校中教授的东西都是垃圾，不值得浪费时间时，天赋不亚于他的日向羽真不动声色地加入了医疗特别培训班。
阳遁与医疗忍术，早就被他列为了目标。
与他一同加入的只有两个女孩子，野原琳和加藤静音。
时光流转，物是人非。
野原琳已经死在了不久前的忍界大战中，与之一同传来死讯的还有某位闰土少年。
加藤静音跟着纲手上忍离开木叶游历忍界，开启了耽搁她一生幸福的旅行。
卡卡西早已被抽去傲骨，如一条孤独的幼犬，在暗部呜咽。
日向羽真接受大蛇丸的邀请，
…。。