日军仍然是暴行的主要实施者，统计显示他们制造的村民遇害人数在整个联军中占有压倒性比例。
他们在东线推进时，山田下了明确命令，凡是对日军防线构成潜在威胁的村庄，一律清理。
这个“潜在威胁”的标准很宽：只要村庄周边地形曾被婆罗洲部队用作集结阵地，或者村中搜出过猎刀或无线电零件，就足够构成“清理依据”。
十一月中旬，一个日军中队在卡普阿斯河上游清理了一个村庄，把全村老幼集中到村中央的晒谷场上。
中队长让翻译喊话，说只要交出游击队员，其余人可以活命。
没有人站出来。中队长下令开枪。机枪扫射结束以后，整个晒谷场没有活人。
中队长在向上级汇报的无线电日志中写下：“清理完成。毙敌可疑游击队员及潜在协助者共计数十人。弹药消耗正常。”
其实一切理由都是借口，如果这个借口不存在，他们立即会想出另一个。
西马莱部队和爪哇部队也在做同样的事，他们在南线和西线推进时对沿途村庄进行报复性清理，把村民集中起来审问游击队踪迹。
审问不出结果就烧村，有的村庄被烧了两次，第一次烧完，幸存者跑进丛林躲了几天，觉得风头过了回去重建茅屋，然后第二支部队开进来把新茅屋也烧了。
烧村时有人试图去救几袋口粮，却被刺刀钉在茅屋门柱上。
英军和美军部队不是主要实施者，这类暴行在联军整体记录中占比很低，但确实有人参与了。
联军中个别英军廓尔喀补充兵和部分米军基层单位在连续接战损失后变得极度亢奋暴戾，以搜查游击队为名对几个土著村庄进行了暴力驱赶和纵火。
有一名米军排长在写给母亲的圣诞家书中提到了一个他参与过的土著烧村事件，当然不能明说，用词闪烁而含糊，但他在信中对母亲坦承他害怕自己“已经变成了一个你认不出来的人”。
但即使他采用了模糊语言，这封信后来还是被随军邮检扣下，没有寄回国内。
这些事件在整体上并不改变联军暴行仍主要由日军系统性实施的事实，但它们的存在本身说明，战争的腐蚀不分国籍。
在高压，崩溃的边缘，人是不分人种，不分肤色，都会走向极端的方向。
十一月底，陈嘉慧通过刘青峰情报网络送去伦敦的那份土著遇害统计表被整理成一份简洁的备忘录。
备忘录最后一栏是一行手写
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