南投城已经被髡贼封锁起来，信使无法抵达。李逢节只好改派左布政使陈应元到乌涌。
陈应元到了乌涌之后，召见了许廷发，言谈之下觉得此人消极避战，简直就是“投降派”的嘴脸，干脆将他一脚踢开，亲自布置乌涌的备战。
乌涌是黄埔港的外口，得名于黄埔的乌涌河。在乌涌河和珠江的交汇处，有一个叫做马涌围的小岛。乌涌炮台的主防御阵地就设在这个小岛上。
马涌围岛上炮台因为是主阵地，又是首当其冲，所以工事相对坚固，陈应元亲自督责南海、番禹两县，大量征调民夫，在马涌围的南面修筑了土木结构的炮垒。又厚又高的垒墙上设有炮眼44个，架设44位红夷大炮。
航道上除了打下三排木桩堵塞江面，另有一条横江铁链，铁链用木排锚泊，另有铁链上系有专门钉封来的沙船一艘，架有10门大号佛郎机炮。这艘船的目的除了稳定铁链，不让其被江水冲走之外，还有防止敌人直接派火船烧毁铁链的意图――陈应元在书上看到过的所有破解横江铁链的战法，都是用火烧。所以他特意做了应对。
他因为听说髡贼的炮火十分厉害，射程又远，所以命令将新筑炮位全部前推，有的干脆修筑到了滩涂上，他又从武将和士兵们口中得知，髡贼经常会利用小船登陆，派兵从侧后攻打炮台，使大炮失去作用。所以在各炮台外围有广泛的布置竹签、铁蒺藜和拒马，每台还增加一百名战兵，准备随时与登陆的髡贼厮杀。为了防备髡贼的优势炮火对士兵的杀伤，又命令在江岸上挖掘壕沟，让士兵们用来躲避炮火，直等髡贼登陆，再一跃而起与其白刃相交。
不知道为何，陈应元对官兵的白刃和近身格斗战力充满了莫名其妙的信心――髡贼既然火器厉害，近身肉搏必然是稀松平常的很。搞不好一看到官兵出来白刃战就会一败涂地。所以他的用兵思想是保证士兵们在髡贼的优势炮火下活着――起码要要活到髡贼冲到壕沟边再说。
许廷发对陈应元很恭敬，简直是言听计从。陈应元要他怎么做就怎么做。征询他的意见也一律以“唯大人马首是瞻”、“大人英明”、“末将读书不多，韬略更是浅薄”之类的话语来应付。
本来他一个小小的海防参将，在地位上与广东左布政也是没法相提并论的。力持己见不过是自讨没趣罢了。不过对陈大人的种种布置，他心中是极其不以为然的。在他看来，除非用“坚石”修筑厚厚的堡垒，否则这样只不过是面对江面的一道墙的炮垒根本没有任何作用。不用说髡贼的船炮射来的炮
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