这场异常残酷的京都保卫战，最终以双方的两败俱伤告终。尸鬼大军最终没有抵挡住南院人凶猛的冲击，石家第七代传人石英，他的两个儿子石六龙和石九门同时战死，魔神被再次封印，可以算得上是一场溃败。而南院这里，也不算胜利。经过这场大战之后，黎家从原来的三万多人口，锐减到两千多人，彻底的失去了东铎王朝的统治地位，直接退出了历史舞台，直到现在都没有恢复到以前十分之一的实力。
两个家族败落之后，另外的三个家族先后崛起，在一段时间的混乱之后，由石家的第九代传人石常青出面，在京都召开了一次重要的会议，这就是促成共和制度形成的京都会议。
参加会议的有十几个部族，但真正具有发言权的只有五个部族：冬氏家族代表的神道族，麦氏家族代表的天道族，屈氏家族代表的人道族，石氏家族代表的鬼道族和黎氏家族代表的魔道族。五族最终共同制定了章程，成立了东铎共和国。
虽然名义上是五族执政，但南院和北院在政治上的权利并不多，因此上石常青就和黎家当时的主事人黎曙光答成了和解，两家暗地里组成了一个秘密组织，――魔神院。
他们的初衷，是为了稳固自己在政治上的地位，从而不被挤出政治舞台。但后来的发展，却出乎他们的预料。由于战争的发生，两个家族的精英基本消耗殆尽，尽管彼此扶持，最终还是不得不退出历史的舞台，但魔神院却被保留了下来，并且得到了发展。到了五百年前，他们已经发展成一个极其庞大的组织，触手更是遍布世界各地，而成员的组成，也由原来的两个家族，变成了以两个家族为中心，吸收其它家族的方式。它的性质也发生了变化，成为了一个研究神秘力量，收集秘密情报的神秘组织。
人们对于它的恐惧，完全是出于两个原因，一个是他们对原始病毒的研究，另一个，就是他们制造的末日武器。
原始病毒的威力，人们已经体验过了。在二百多年前，由于管理上的失误，一种原始病毒的变异种被带出了魔神院的秘密库房。并被转卖到了中原地区，从而导致了大规模的感染，使当时的世界人口锐减了三分之二，如果不是魔神院最终研制出了抗生剂，人类恐怕都不复存在了。至今关于原始病毒的警告还随处可见，人人谈之色变。
末日武器没有人见过，正因为没人见过，传说才更加可怕。关于它的传说，有两个故事，一个记录在九州大陆的战争史上，一个是坊间传闻。
记录在《战争史》上的这个故事，发生
…。。