9個城市在马林堡建立了旨在反抗骑士团专横统治的普鲁士联盟。
1453年, 普鲁士联盟与波兰结成同盟，由此引发了连续13年的战争，直到1466年签订第二次托伦和约方才结束（十三年战争）。
这次和约使得骑士团国又损失了大量的领土，其中包括马林堡。在政治上，骑士团国要承认臣服于波兰，这一条在骑士团内部引起了极大的争议。
德意志分团希望从神圣罗马帝国和教廷那儿获得支持，1494年，德意志分团长承认臣服于神圣罗马帝国皇帝马克西米连一世。
外患内忧之下，此时的骑士团国已经走到山穷水尽之处。路德的宗教改革使骑士团再一次走上历史的分水岭。
1511年，来自霍亨佐伦家族的年仅21岁的阿尔布雷希特被选为条顿骑士团第37任大团长，他也是作为一个军事修会的条顿骑士团最后一任大团长。
在当时著名的宗教改革家路德的建议下，阿尔布雷希特辞去条顿骑士团大团长一职，将骑士团国世俗化，改为公国，在公国内进行宗教改革。
骑士团内部的保守势力以及德意志的天主教贵族对他的的改宗十分不满，不过他在1527年娶了北方强国丹麦国王腓特烈一世的女儿，反对派对他无可奈何。
阿尔布雷希特的改宗使条顿骑士团作为一个军事修会的历史走到了终点。原来属于骑士团国的普鲁士已经被阿尔布雷希特新教化，立窝尼亚被波兰占据，爱沙尼亚被瑞典吞并, 骑士团国已经没有一块属于自己的领地。
1809年, 拿破仑侵入德意志后, 宣布解散作为军事组织的条顿骑士团, 骑士团仅在奥地利有容身之处。直到1834年，奥地利皇帝重建骑士团，并使之成为宗教慈善机构。
1929年，条顿骑士团改组为一个纯宗教的骑士团，其名称也由ot（条顿骑士团，ordo teutonicus）变为do（德意志骑士团，deutscher orden）
今天，德意志团已经成为一个慈善组织，建立了很多诊所，并且在以色列创办了许多旅游和考古项目。
目前德意志团有大约1000名成员，包括100名天主教牧师，200名修女，700名工作人员。这些牧师和修女遍布欧洲大陆。
从这个角度讲，条顿骑士团回到了中世纪的刚刚成立的时候最初的目标，就是给在国外的德国人精神和医疗上的帮助。
“不过有个问
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