兵、刑、工六部。
二卷：都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、国子监、衍圣公。
三卷：太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、尚宝司、六科、中书舍人、行人司、钦天监、太医院、上林苑监、五城兵马司、顺天府、武学、僧道录司、教坊司、宦官、女官。
四卷：南京官、应天府、王府长史司、布政司、按察司、各道、行太仆寺、苑马寺、都转运盐使司、盐课提举司、市舶提举司、茶马司、府、州、县、儒学、巡检司、驿、税课司、仓库、织染局、河泊所、批验所、递运所、铁冶所、医学、阴阳学、僧纲司、道纪司。
五卷：公侯伯、驸马都尉、五军都督府、京营、京卫、锦衣卫、南京守备、南京五军都督府、南京卫、王府护卫、总兵官、留守司、都司、各卫、各所、宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司、军民府。
《职官志》中于内阁叙述不详，而以六部为重，是因六部为明代官制主体，但明代内阁作用之大，设置之突出，实应多述。都察院系改原御史台而置，为明代始置。都御史职关纪纲风宪，尤其重要。又有巡抚之职，为都御史外任，并有经略、总理、赞理、巡视、抚治等名目；监察御史又有巡按之制。故此都察院置于第二卷之首，而所占篇幅最长，此亦史笔之用心。
宦官专立一篇，列于第三卷之末，即在京诸衙之后。首述十二监、四司、八局，即宦官二十四衙门，及诸库、房、厂、提督、守备、镇守诸职，记述颇为清楚。如记提督东厂，下记：“掌印太监一员，掌班、领班、司房无定员。贴刑二员，掌刺缉刑狱之事。旧选各监中一人提督，后专用司礼、秉笔第二人或第三人为之。其贴刑官，则用锦衣卫千百户为之。凡内官司礼监掌印，权如外廷元辅，掌东厂，权如总宪。秉笔、随堂视众辅。各私设臣掌家、掌班、司房等员。”明代宦官之权势，跃然于纸上。
且宦官之后，另有评述文字，由明太祖洪武十七年（1384）铸铁牌“内臣不得干预政事，犯者斩”至永乐后中官四出，王振、汪直、刘瑾、魏忠贤之专权，直至明亡，颇有总结。清朝以此为戒，宦官遂无干政之机，这实在是以史为鉴。
明代土司制度，亦为当时一大特点，故职官之尾专立土官，文字虽然不多，却给人以完善之感。
《明史·食货志》共六卷，出自潘耒之手。其实潘耒所作，实据王原《明食货志》而成。但据记潘耒对编纂《食货志》用力最勤，“自洪武至万历朝实录之有关食货者，共钞
…。。