。事件平息后，吴祚等向广东海道副使刘稳请求在当地建县。众多官绅皆认为当地离东莞县治百余里，管理不便，又常受‘海寇’骚扰，纷纷附议。刘稳转告粤督，奏准设立。万历元年从东莞县划出56里、7608户、33971人，成立新安县，县治设在南头。自此由明神宗万历元年（公元1573年）起，到清宣宗道光21年（公元1841年）成为英国殖民地为止，该地区一直属广州府新安县管辖。
另外，香港地区在明朝时盛产及出口香木。这种香木属于莞香，又名女儿香，当年在广东与江浙等地备受欢迎。王崇熙纂《新安县志》卷二《奥地略．物产》曾提及香港地区往昔出产香木的景况：‘香树，吧内多植之。东路出于沥源，沙螺湾等处为佳’。沥源即今日新界的沙田等地，沙螺湾则在大屿山西部。今日沙田白田村附近尚有名叫香粉寮的地方。直至清朝康熙元年至二十三年（公元1662年-1684年），政府欲断绝闽粤沿海人民与郑成功的联系，实行沿海“迁界”三十至五十里的政策。香港地区的居民也被迫迁进内陆，使当地香业的凋衰。到雍正年间（公元1723年-1735年），在东莞又出了因承旨购求强索香杖的县令，令种香人家砍树逃亡。从此香木生产一蹶不振。
据说，“香港”的名称的由来就是因为香木的盛产和出口。
西方的东来
香港在中西外交关系史上也占一席位。葡萄牙将领安德拉德（FernaoPiresdeAndrade）在1516年率船队前往中国，并于翌年8月15日（明武宗正德12年7月28日）抵珠江口与明朝广东地方官员接洽，是为葡萄牙和明朝的第一次官方接触。
从明武宗正德九年（公元1514年）起，葡萄牙控制香港地区的屯门和后海湾达七年，并于当地立石柱，刻该国国徽于其上，以示占领。佛朗机人还在屯门建军营、造火铳、设刑场、控制财物和人口。在广东地方官员和北京中央的多番交涉不果﹐广东巡海遣副使汪鋐遂亲自督师驱逐。葡萄牙人据险抗守，以火铳轰击明军，并欲占据南头城。汪鋐亲临前线，指授方略，用破船多载枯柴和干燥的荻草，灌以油脂，因风纵火焚毁对方船只；同时还用善游泳的人潜入水中，把对方的船凿沉。汪鋐并得原本受聘于葡萄牙人的华人协助，照对方的办法制造铜铳、火药，以此轰击佛军，缴获他们的大小铳二十余管。殖民者抛弃部份船只，乘三艘大船逃走。据《汪公遗爱祠记》说：屯门之役“于正德辛巳（1521年）出师，嘉靖壬午（
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