过政变取得皇位后，情况变了。篡位本来就是一件大逆不道之事，如果自己是妃生子，那就等于承认是庶出，而不是马皇后生嫡出。
在有嫡子的情况下，庶子是没有资格承继大位的，即皇位实行嫡长子继承制。所以，朱棣为掩人耳目，把自己标为嫡出，以证明自己的资格是可以当皇帝的，就授意史官，有意将事情搞混，以掩人耳目。
为什么民间会有那么多传言，朱棣是元顺帝之妃所生？这与当时他篡位有直接关系，当时他的行为是不得人心的，说是元妃所生，不就是骂他不是汉人的种么？！
在民国时期即有多名学者考证过，明史中有不少文字都改动过，与史实不符。特别是，称朱棣为马皇后所生的官方记载，都被做过手脚了。本来应该是最权威的《明史》等典籍，是清人万斯同编纂，他也给明史"抹黑"，好多东西都被改得面目全非，以讨好清廷，但这给后代史学研究带来了极大的困难，留下许多历史悬念。
目前史学家认定朱棣为庶出的唯一"官方文件"，也是最权威记录，来源于明代《南京太常寺志》。但据考证，这书也被人做过手脚了，据说"枪手"是康熙三十九年(1700年)的进士、清朝保和殿大学士张廷玉。
孝陵内碽妃的牌位为什么"独向西"，有两种说法，一是朱棣和朱允炆这对叔侄在争夺皇位的"靖难之役"中弄乱的，二是朱彝尊《静志居诗话》所说：明南都太庙，嘉靖中为雷火所焚，嘉靖年间，孝陵前的供殿让雷击中，发生火灾，在神位重新摆放，有可能弄错了。
不过，顺便说一句，朱元璋名下有一二十个儿子，都称是他本人的"作品"。对此，笔者表示怀疑。
据说朱元璋有占**室的爱好，以显自己是男人，有能耐。除了把元顺帝的妃子搞进自己的皇宫，在打败老对手陈友谅时，也将其妻阇氏纳为妃子。阇氏当时已有身孕，不久就生了一个陈友谅的遗腹子，朱元璋一直当作自己的儿子，还将他封在长沙，为潭王。
史学家称这是以讹传讹，与朱棣生父是元顺帝的说法一样无稽。但无风不起浪，里面肯定有故事。（作者不详）
朱元璋的元配夫人马秀英可以说是结合了中国传统女性的所有美德：贤惠、谦恭、宽厚、仁慈。朱元璋遇事总要与马秀英商量，不仅仅是因为他们是共过患难的夫妻，更多的是一种依赖与信任。朱元璋曾对马秀英说，朕有什么烦心事，往你这一坐心里就觉得踏实。
朱元璋杀苏坦妹时并不知道她是江南楚苏之一，事
…。。