第一道门只有两名太监守门，第二道门无人看守。事发后朱常洛惊恐万状，而且“举朝惊骇”。万历帝下令审讯。负责审问的为“浙党”官吏，说张差是个疯癫病人，企图糊涂结案。而巴结郑贵妃的内阁首辅、“浙党”首领方从哲也不愿深究。东林党人、刑部提牢主事王之宷(cài)，通过单独提审和与刑部官员共审，使张差供出：是郑贵妃手下太监庞保、刘成“令我打上宫门，打得小爷(指太子)，有吃有穿”。朝中东林党人怀疑是郑贵妃欲谋害太子，坚决要求彻底追究。事情牵连郑贵妃，朝议汹汹。
《明史·郑贵妃传》记载：郑贵妃闻知后，对万历帝哭泣。万历帝说：“外廷语不易解，若须自求太子。”于是，郑贵妃就找到了皇太子朱常洛。史书记载，郑贵妃向太子号诉，就是郑贵妃找到了皇太子朱常洛，嚎啕大哭，诉说事情的原委，请求太子宽恕。二人对话的过程是：贵妃拜，太子也拜，贵妃和太子是且泣且拜，一面哭一面拜。万历皇帝一看这事情闹大了，牵连到郑贵妃不好，又牵扯到太子――两头为难，怎么办呢？他决定亲自来处理这个事。万历帝在慈宁宫皇太后灵位几案前召见太子和百官，令太子降谕处理此案，禁止株连，就是不要牵扯太多人。皇太子朱常洛既不愿意得罪他父皇，也不愿意得罪郑贵妃，不敢深究此事，也想大事化小，小事化了，息事宁人。万历帝因为都是他们家里头的事情，而且牵扯到郑贵妃，也不想深究此事。最后决定把张差处死，两个太监庞保和刘成在内廷秘密打死，草草了结这桩大案。负责此案审理的王之宷遭到反东林党一派官吏的攻击，万历帝将他削职为民。这就是“梃击案”。
大家注意，梃击案斗争的焦点，从表面上看是郑贵妃意欲谋害太子朱常洛而未得逞，好像是皇帝的家事，但实质上是国事，反映出朝廷中东林党与其他派系的政治斗争。尽管万历帝亲自处理结案，但这件事情始终疑云重重。此后大臣们常以此为题目，“奏章累数千百，由是门户之祸大起”。
一波才平，一波又起。在“梃击案”之后，又发生“红丸案”。
二、红丸案
万历四十八年(1620年)七月二十一日，万历皇帝病死。太子朱常洛继位，改年号为泰昌，所以习惯把他叫作泰昌帝。八月初一日，泰昌帝在登极大典上，“玉履安和”，“冲粹无病容”，就是行走、仪态正常，没有疾病的症象。泰昌帝在万历四十八年七月二十二日和二十四日，各发银100万两犒劳辽东等处边防将士，罢免矿税、榷税，撤回矿税使，增补阁臣，
…。。