子女散归民间，下落不明，从而引起人们的各种猜测。
思宗的子女不幸生在了末代帝王之家，这就注定了他们悲剧的命运。皇太子先后出现过两个；朱三太子先后出现过多次。不过，他们的下场无一例外都很悲惨，都最终被处死。相比较而言，思宗的女儿后来的下落倒还比较清楚。这是因为，思宗在决意自缢之前，为了不让自己的女儿受辱，曾先后对自己的两个女儿下毒手。即使侥幸生还，也决无法遁逸。
武侠小说常伪托的长平公主，实际上死于顺治三年（1646）。思宗总共有六女，其中四女早逝。崇祯十七年（1644），思宗还有两个女儿，即长平公主和昭仁公主。崇祯帝自杀前，入寿宁宫，长平公主牵衣而哭。崇祯帝说："汝何故生我家？"挥剑砍去，断长平公主左臂，昏死过去。接着，思宗入昭仁宫，砍杀昭仁公主。长平公主昏死后，被人抬到周皇后的父亲周奎家中，五天后竟然苏醒过来。顺治二年（1645），长平公主上书给清世祖，请求准予出家。清世祖不同意，命将长平公主许配给当初思宗为她选定的驸马周显，并赐给土田、府邸、金钱、车马。但长平公主经历家破国亡之痛，郁郁寡欢，次年逝世。
思宗共有7个儿子。其中，周皇后生子三人，即太子慈■、怀隐王慈■（皇二子）、定王慈炯（皇三子）；田贵妃生子四人，即永王慈■（皇四子）、悼灵王慈焕（皇五子）、悼怀王（皇六子）、皇七子。崇祯十七年（1644），太子16岁，皇三子定王慈炯14岁，皇四子慈■应当也有十余岁。除了这三个儿子外，其他的儿子都已早逝。与对待女儿的方式不同，思宗在死前命皇太子、皇三子、皇四子分别藏匿于公卿贵戚家中。太子来不及去成国公府，便隐匿于民间，定王和永王一齐去了周皇后的父亲周奎家。三月十九日，李自成进城，命令搜寻太子与定王、永王。
二十日清晨，嘉定侯周奎将定王、永王交出。太子据说亦被李自成的军队搜获。太子与闯王李自成之间还有一段对话。太子挺立不屈，谈吐自如，问李自成说："何不杀我？"闯王说："汝无罪，我岂妄杀！"太子说："既然这样，听我一句话：一，不可惊我祖宗陵寝；二，速葬我父皇母后；三，不可杀我百姓。"四月十三日，李自成东征吴三桂时，定王、永王随军前往。据说，太子当时也在军中。据《明史》记载，李自成曾封太子为宋王。此后，太子、定王、永王的下落都不清楚，或说曾被吴三桂夺去，或说定王曾在城南遇害。崇祯十七年（1644）十一月，北京出现皇太子
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