但是，当魏忠贤把这件事和他的亲信王体乾商议的时候，王体乾提醒魏忠贤说："主上凡事愦（ｋｕì）愦，独于夫妇、兄弟间不薄，一不慎，吾辈无遗类矣。"魏忠贤听后也心中暗惊，于是遂将那几个人处死，杀人灭口，化解了此事。后来，张皇后在信王朱由检即位一事上，起了很大的作用。熹宗临死前不久，对张皇后说，魏忠贤告诉我说后宫有二人怀孕了，以后生男就立为皇帝。张皇后表示反对，认为应当早立信王。信王想推辞，皇后自屏风后走出，说："皇叔义不容辞，且事情紧急，恐怕发生变故。"信王才愿意继承皇位。熹宗对于张皇后，始终爱惜。他临死之时，将张皇后托付于弟弟信王朱由检，命曰："中宫配朕七年，常正言匡谏，获益颇多。今后年少寡居，良可怜悯，善事中宫。"此后，思宗对张皇后确亦非常敬重。有一次，思宗的皇后周氏对思宗说周延儒人品如何不行，思宗心中不满后宫议论朝政，问周氏怎么知道，周氏以张皇后对，思宗遂无言。
不过，在遍布魏忠贤和客氏爪牙的后宫中，张皇后还是遭到客、魏二人的暗算。天启三年，张皇后有孕。魏忠贤和客氏密令宫女在为皇后捻腰的时候下重手。一个年方18岁的皇后，哪里明白这些道理。宫女们按魏、客的吩咐，"捶之过猛，竟损元子"。这一事，后来成为杨涟弹劾魏忠贤的第十条罪状。其实，作为皇后，虽然宽容待人，而且正直敢言，但是无法纠正宫中的歪风邪气，不能不说是一种缺憾。清代学者查继佐在《罪惟录》中说，张皇后敢于在当时陈《赵高传》于几案，就说明她的"不慊"的勇气，然而"即以慊风诸妃，万不能实诸妃妊（ｒèｎ），他日称皇太后也，惜也。"谈迁也说，尽管张皇后谦而不妒，使妃子们都能接触到皇帝，但是却不能保全诸妃的生育，以致自己也无法在天启以后做皇太后，真是可叹。这样的批评，应当说是苛求了。在当时的情形下，张皇后能保全自己，已经是她不胆怯的最好结果了。
天启五年八月，熹宗在客氏、魏忠贤的陪同下到西苑游乐，在桥北浅水处大船上饮酒。然后，又与王体乾、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾，却被一阵狂风刮翻了小船，差点被淹死。经过这次惊吓，熹宗的身体每况愈下。天启七年夏，病情加剧。八月十一日，召见异母弟信王朱由检，招呼弟弟说："来，吾弟当为尧舜。"次日，召见内阁大臣黄立极，说："昨召见信王，朕心甚悦，体觉稍安。"体觉稍安，只是因为安排了后事，所以放心了许多。10天之后，熹宗就驾崩了。信王朱由检，即后来的明代
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