每次看护小皇帝读书，总是和冯保到文华殿东小房里密谈，直到小皇帝讲学完毕才结束。高拱与张居正本同属穆宗裕邸旧臣，关系甚睦，"两人欢相得，不啻（ｃｈì）兄弟"。但是，张居正显然是一个典型的两面派，一方面赞同高拱驱逐冯保的建议，一方面与冯保密谋如何驱逐高拱。高拱则自视甚高，把事情的复杂性估计过低，加上性格粗直，容易被人揪住辫子。冯保想起穆宗刚死的时候，高拱在内阁对同僚们说的一句话--"十岁太子如何治天下？"冯保深知，这句话足以扳倒高拱。于是，冯保到皇太后和皇太贵妃那边说："高拱斥太子十岁孩子如何作人主。"皇太后和皇太贵妃听后都大惊，万历小皇帝听了面色立即大变。
六月十六日早朝，宫中传出话来："有旨，召内阁、五府、六部众至。"高拱兴高采烈，以为将颁布驱逐冯保的诏旨。张居正则面色如水，心中有数。到会极门时，太监王榛（ｚｈēｎ）已捧圣旨出，说："张老先生接旨！"接下来宣读："今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子三人惊惧不宁。高拱著回籍闲住，不许停留。"这一段话，可惊得高拱面如死灰，汗下如雨，浑身瘫软，伏地不能起。第二天，高拱坐着一辆骡车离开京城，由于仆婢都逃逸了，身上没多少钱，只能到一些小店里吃饭。一直到了良乡，才得到张居正为他请来的驿传勘合，可以坐着政府的驿传还乡。高拱一走，高仪也坐不住了，惊得呕血三日而亡。至此，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人，担当辅弼小皇帝的重任。从此以后，万历朝的前10年，小皇帝的生活基本上是受三个人的规范：一个是自己的母亲慈圣李太后，一个是司礼监掌印太李太后像监冯保，一个是内阁大学士张居正。
神宗需要侍奉两位母亲。一位是嫡母仁圣皇太后，即原来穆宗的皇后陈氏；一位是生母慈圣皇太后李氏。仁圣皇太后体弱多病，不能生育，却很疼爱小皇帝。据说，小皇帝还是太子的时候，经常去皇后那里玩。陈氏每次听见太子跑的鞋声，就非常高兴。所以，神宗虽然尊崇自己的生母李氏，即改变过去皇帝生母只称"徽号加太后"的惯例，为李氏加"皇"字，称"慈圣皇太后"，但是，对于嫡母仁圣皇太后始终非常尊敬，一视同仁，备极孝心。当时人称神宗之孝顺，乃"古今帝王之孝所稀有也"。比起他的祖父世宗以宫廷逼仄的理由勒令孝宗张皇后迁居于宫城幽僻之地来，神宗显然是有情有义得多。不过，小皇帝的监护人主要还是生母慈圣皇太后。慈圣皇太后生性淳
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