不适应南方气候，很多人病倒了，许多将领也请求撤军。朱棣很犹豫，一连数日擐（huàn）甲不离身，最后在大将朱能的劝说下坚定了继续南下的决心。他迫切需要一场胜利来鼓舞士气。
这时南军防御的主要力量总兵何福驻军灵壁，修建了大量工事，固守不出。朱棣想与之决战不得，就截断了他的粮草供给，将其围困起来。何福无奈，准备突围，不想南军把燕军进攻的信炮当成是突围的信号，纷乱涌出，结果大败。何福仅以身免，而南军的主要将领平安被俘获。平安是朱元璋的养子，原是朱棣的部下，文韬武略，成为朱棣的主要对手，多次击败过他，还斩杀过他的几个得力战将。俘虏平安，令朱棣兴奋异常，燕军上下都说这回可以平安了。朱棣舍不得杀他，将其押送回北平。
铁鞭灵壁之战后，朱棣再也没有遇到大的战斗，于建文四年（1402）六月十三日，兵临南京城下。李景隆、谷王打开金川门迎降，建文帝不知所终，朱棣取得了靖难之役的胜利。
出兵安南。安南，又称交阯，汉唐时为中国的属郡，五代以后独立，但仍与中国交往密切。在明初，安南国王为陈氏。建文朝，安南发生政治变故，丞相黎季■（lí）自立为帝，改名胡一元，不久又传位其子。
永乐元年，安南国王派人朝贺，自称陈氏无后，自己是陈氏外孙，为众拥立为国王，请求得到朱棣的册封。朱棣听从礼部的意见，派遣官员到安南探访实情。该官员回朝后说现在的安南国王得到了当地人的承认，国家安定。朱棣于是派礼部郎中带着诏书前去安南，正式册封其为国王。
然而永乐二年，原国王的臣属裴伯耆逃到中国，将胡氏篡位的事情揭露。八月，老挝遣人送来了原国王的弟弟陈天平。朱棣无法辨别真伪，暂且将他们安置起来。年底，安南使臣来贺。朱棣让陈天平突然出现在使臣面前，使臣们十分惊愕，纷纷下拜，朱棣由此知道了陈天平的真伪和事情的真相。朱棣遣人责备安南国王，安南国王上书表示欢迎陈天平回国继承皇位。
令朱棣恼怒的是，安南竟然伏兵劫杀由明军保护回国的陈天平。面对这种公开挑衅宗主国威信的行动，朱棣没有犹豫，立即遣兵80万出征安南。80万大军锐不可当，永乐五年将安南国王、太子等人活捉。朱棣遂改安南为交阯布政使司，成为中国的一个省。只是后来明朝迁都北京，安南时有反抗，成为明朝的沉重负担，因此朱棣死后不久，明朝就放弃了对安南的治理。
五入漠北。对明王朝最大的威胁不是南方
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