他还清晰地记得，一次只有燕王和他在的场合，燕王以手拍他的后背，以开玩笑的口吻对他说："不意儿乃有今日！"这情景恰巧被太祖朱元璋看见了，责问朱棣怎敢如此无礼。建文帝急忙为朱棣开脱，但心里却久久不能平静，从那时就开始考虑如何处理宗藩问题了。
即皇帝位后，建文帝依赖齐泰、黄子澄等人，将削藩付诸实际行动。建文帝削藩的第一个目标就是周王朱。建文帝密令李景隆以北上备边的名义兵临开封，趁周王毫无准备之际突然将其抓捕，送至京师。建文帝将周王谪遣到"烟瘴之地"的云南蒙化，后又把他召回京师禁锢起来。为什么首先选择周王呢？周王朱，朱元璋的第五子，洪武十一年（1378）封周王，十四年（1381）就藩开封。这次削周王名义上是因为周王次子告发他"异谋"，其实还有另外一层原因。藩王中以燕王朱棣实力最强、野心最大，建文帝一直以燕王朱棣为最大的对手，这次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆为妃所生（在此问题上有异议，见下节），关系最为密切，因此建文帝先废周王，有去燕王手足的用意。随后，建文帝又先后废湘王、齐王、代王、岷王等四王，目标直指燕王朱棣。
在削藩问题上，朝臣本来有着不同的意见。以前军都督府左断事高巍和户部侍郎卓敬为代表的一些大臣主张采用汉代"推恩"的办法曲线削藩。他们建议建文帝把藩王的权力分封给藩王所有子孙而不仅仅是嫡长子一人，而且要异地分封，这样藩王的权力就会逐渐削弱，不会再威胁到朝廷。卓敬更是建议建文帝立即将燕王迁封到南昌，既维护了亲情，又削弱了他的力量。建文帝认为很好，却没有去实行。以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。可惜的是，建文帝听取了书生黄子澄的意见。建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，燕王朱棣正发展势力，蓄势待发，一场大战迫在眉睫。
建文元年七月，燕王朱棣在姚广孝等人游说下以"清君侧"为名举兵起事，从而拉开了长达四年的叔侄战争，史称"靖难之役"。"靖难"，就是削平祸乱的意思。这是燕王方面的用词。对于建文帝来说，这个词是很可笑的。燕王打着为朝廷"靖难"的幌子，却是来跟自明刻本《国朝典故》（内收《奉天靖难记》）己作战，这不是造反又是什么？（须知，这时的朝廷不是
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