78年），直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭。所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权管辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。
众所周知，元朝设置宣政院管理西藏地区军政要务，这是西藏正式纳入我国版图的开始。元朝还在西藏直接建立地方军政机构，名为“宣慰使司都元帅府”，隶属于宣政院，并驻有军队，进行人口调查，派遣繇役，征收赋税。
明代称西藏为“乌斯藏”。洪武时，明朝在西藏设立两个都指挥使司，即乌斯藏都指挥使司及朵甘卫都指挥使司，又设有指挥使司、宣慰使司、招讨使司、万户府、千户所等机构，综理军民事务。永乐时，明朝还修了从雅州（今四川雅安）到乌斯藏的驿道，设置了驿站，大为便利了西藏与内地的交通。西藏盛行喇嘛教，喇嘛教分为许多派别，其中主要是红教和黄教。红教最先兴起，在元代势力很盛，成为西藏最大的教派。明朝永乐年间，青海藏族僧侣宗喀巴在西藏另创黄教。黄教兴起以后，红教就逐渐衰落下去。永乐时，宗喀巴的弟子释迦也失来京朝见，被封为“大国师”。宣德时，释迦也失再度来京，又被封为“大慈法王”，所以西藏不但从元朝起就是我国的正式领土，实行有效的统治，而且明朝时对西藏的管辖还进一步加强了。
元朝被推翻以后，元朝皇族退回蒙古草原，起初仍保持元朝国号，继帝位者仍称皇帝，历史上叫作“北元”。明朝初年，蒙古分裂为鞑靼、瓦剌和兀良哈三大部。鞑靼部居住在今鄂嫩河、克鲁伦河以及贝加尔湖一带。瓦剌部居住在今科布多河、额尔齐斯河和准噶尔盆地一带。兀良哈部居住在今兴安岭以东，松花江以西，呼伦湖以南，西剌木伦河以北。兀良哈部在洪武时归附明朝，明太祖朱元璋在其居地设置朵颜、福余、泰宁三卫指挥使司，任用其首领为指挥使。又封儿子朱权为宁王，镇守大宁，以控制兀良哈三卫。永乐七年（1409年），明政府设置奴儿干都指挥使司（简称奴儿干都司）管辖黑龙江、松花江、乌苏里江流域及库页岛的广大地区。从永乐九年（1411年）至宣德八年（1433年），明成祖及宣德皇帝先后派遣太监亦失哈等多次巡视奴儿干地区，并在特林修建永宁寺，先后立有《敕修永宁寺记》和《重建永宁寺记》两块石碑，记述了奴儿干都司创建的经过及亦失哈等来此巡视的情形。可见明朝对于东北地区也一直进行着管辖的。