于哈马鲁丁的下落,《拉失德史》,页222说.当时,哈马鲁丁患水肿病,不能跨马握缰,因而被部下抛弃,下落不明。巴托尔德认为,哈马鲁丁是在帖木儿军队的追击下,向北流窜到阿尔泰地区,后在阿尔泰森林中因患水肿病死去。见巴托尔德：《中亚史研究四题》，页1430）。
帖木儿此次用兵就是要借哈马鲁丁丧权之机,一举根除哈马鲁丁及其残部的势力,以解帖木儿的心头之患。帖木儿帝国军队越过边界进入东察合台汗国境内。他们一路势如破竹，经伊塞克湖、倥格斯山、伊犁河、博尔塔拉河等地到达额尔齐斯,横扫东察合台汗国的北境,哈马鲁丁及其残部望风北逃阿尔泰。而后,帖木儿帝国军队经阿敦?库格和巴尔喀什湖返回帖术儿帝国境内（巴托尔德:《中亚史研究四题》卷1，页143。）。
至此,双方长达22年之久的战争终告结束。双方战争的影响东察合台汗国与帖术儿帝国间的战争,对明代西域和河中地区的政治、经济、对外关系均产生深远影响。在政治上,双方经这场战争的反复较量后,东察合台汗国的哈马鲁丁为首的“借汗”政权垮台,代之以察合台后王黑的儿火者汗为首的“合法”政权。从此,双方关系由对抗转向缓和。
从本质上看,该战争是河中维护蒙古“黄金家族”的传统势力与西域反对“黄金家族”的变革势力间的一场决战。它发端于蒙古势力相对薄弱的西域,结果给西域和河中地区带来了灾难。河中帖木儿以“黄金家族”的代言人自居,迎合当时人们对“黄金家族”的趋从心理,打起维护其正统地位的旗帜,“招降纳叛”,分化瓦解哈马鲁丁的实力,以达到消灭哈马鲁丁,巩固河中统治地位的目的。
而西域的哈马鲁丁试图冲破这种传统观念,但受自身实力的限制,几经周折,陷入内外交困的境地,不可避免导致失败之厄运。鉴于上述原因,战后,双方关系步入了相对缓和时期。河中帖木儿取胜后,削弱了东察合台汗国对其东部边界的威胁,但西域的朵豁剌惕部异密家族的势力仍很强大。这就意味着,河中帖木儿要在短期内完成统一西域的宏业并非易事。所以,帖木儿一改原先单一的武力征服,因地制宜,对葱岭东的西域以政治威慑为主,将重点放在对帝国西部的伊利汗国和奥斯曼土耳其帝国的征伐上，以获取更多的土地和财富。
而东察合台汗国的黑的儿火者汗登上汗位后,与帖木儿帝国罢兵言和,潜心于国内政务的治理。他依靠西域朵豁剌惕部异密忽歹达的辅政,恢复了久遭哈马鲁丁废弃的汗制,
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