土尔扈特部落被蒙古大汗将军哲别所召，参加征讨屈出律军队的战斗，大败屈出律的军队于塔里木盆地南部巴达哈桑山中，天山南麓喀什噶尔、鸭儿看、和田诸城依次而下。迄此天山南北各地皆归蒙古汗，新疆割据纷争的局面才宣告结束，也为元、明两代成吉思汗的后代统治天山南北各地打下了基础。
宋理宗赵昀景定元年(元世祖元年，公元1260年)，成吉思汗的孙子薛禅汗孛儿只斤·忽必烈借助内地汉族地主的强大势力，在开平夺取了蒙古汗国的大汗位，这引起出也是身于黄金家族而又是卫拉特部落的脱勒劣赤女婿阿里不哥的不满。在土尔扈特部落和其它卫拉特部落的支持下，孛儿只斤·阿里不哥在合剌合林也被拥立为大汗。经过四年的战争，孛儿只斤·阿里不哥遭到了惨败，撤退到伊犁河流域。随之，支持孛儿只斤·阿里不哥的土尔扈特部落和其它卫拉特部落，又一次离开八河流域迁徙到察合台汗国境内。
宋景定五年(元世祖至元元年，公元1264年)，孛儿只斤·阿里不哥和支持他的土尔扈特和其它卫拉特各部走投无路，向元世祖投降。当时的土尔扈特部落和其它卫拉特部落虽然已经强大起来，但是受到传统正统观念的影响，没有去争夺蒙古大汗的汗位。而在东蒙古的黄金家族的其他封建主们纷纷去争夺蒙古大汗位时，土尔扈特部落和其它卫拉特部落却支持出身黄金家族的阿里不哥去争夺大汗汗位。因为不管西蒙古封建主军事势力强大到何种程度，除了黄金家族的大元后裔之外，均不可能自己成为东蒙古本土的汗。尽管孛儿只斤·阿里不哥酗酒无度，指挥无方，刚愎自用，屡战屡败，也只得支持这位和卫拉特各部有亲缘关系的大元后裔，甚至导致卫拉特各部大撤退和向元世祖投降也在所不惜。
大元帝国又一次统一了土尔扈特等部落及卫拉特各部落之后，让卫拉特斡亦剌惕的首领做被奴役部落的管理者，管辖属地的部众及领地外，还在谦河一带设置万户府，由黄金家族的子孙担任万户长。元朝至元七年(公元1270年)，元世祖得悉土尔扈特部落及卫拉特各部管理秩序较为混乱，万户府内花天酒地，酗酒无度，斡亦剌惕部管理者敷衍了事，不负责任，造成尾大不掉之势。元世祖果断派保定府汉人刘好礼为叶尼塞河上游吉里吉思五部断事官，管理卫拉特各部。刘好礼团结土尔扈特部落和其它卫拉特部落的头领，大胆革除各类弊政，认真审查了多年余积的各种民事刑事案件，并任用土尔扈特部落的王罕之孙阿木胡兰作为助手，协调各部落因为争夺牧地而造成的矛盾，
…。。