黑暗组织内部并不是铁板一块。可能一开始成立的时候，大家是因为同一个理想，或者不可告人的目的结合的。但世间之事因利而合，往往有会因利益而散。当人数少的时候，可能会不是很明显。随着组织的不断扩张，等级开始出现，隐藏的矛盾不断的浮出水面。
尤其是在地下城建立，一手缔造了组织的辉煌，让他们逐渐获得了可以和各国政府抗衡的力量，也亲手埋下了祸根。因为地下城除了让大家告别的东躲西藏的日子，也让一些在科研上游到瓶颈的迟迟无法有所突破的人，获得了其他为组织效力的机会，转管理岗。
但是，有管理人员，有缺乏监督机制，就意味着滋生腐败，权利的滥用，这就引起了众人的不满。加上科学疯子大多不太圆滑，火药味随处可见，但迫于高层的压力，大家都在隐忍。
就比如说，言泽，他是吴教授的助手兼弟子，吴教授又是组织的大长老，大荒山地下城的三巨头之一。一直以来，他都是众星捧月的存在，常常被人夸赞年轻有为，组织中下一代的中流砥柱。也有人说，他其实是草包一个，靠着溜须拍马才获得教授的赞赏。你看他来到这里这么多年，根本就没有拿得出手的功绩。其实，他根本就不在乎这些，他并不像呆在这里。只不过吴教授是他的研究生导师，被胁迫才来到地下城的……
再比如说陶然，他曾经也是一一颗冉冉升起的新星，最起码在地下城是这个样子。曾经的他，对科研如此的疯狂，尤其是当他看到官方禁止一些实验的时候，总是痛心疾首。因此他才来到的地下城。可是，当他看到被用来做实验的人的痛苦之后，他开始反思自己的所作所为。他觉得自己错了，大家都有好好活下去的权利，不应该成为别人理想的垫脚石。因此他和他的好朋友，以及一个新认识的朋友，一起策划了七月事变，企图解救地下城的居民。事变失败了，他的两个朋友被做成骨架化石用来展览，他苟活了下来……
每个来到地下城的居民，身上都有故事。地下城中心医院院长江浩也是这样。江浩来到地下城，纯属一场意外。或者说是被骗来的。原本他是一个三甲医院的主任医生，平时工作非常的忙碌，难以顾及家庭，他的妻子对此颇有怨言，两人感情逐渐变淡，开始争吵大家，只在表面上维持着和谐。很快，表面的平静也被打破了，他不能无视那顶大大的绿帽子。离婚后，心情苦闷的他，请了一个月的假出去散心，偏偏就救了组织的一个创始人。本来以为这是个政府组织的公益项目，然后他就来了，谁知道这里竟然在进行
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