施的衙门归并如工部，原因是这些衙门的收税权力被取消了，基本上成为技术性衙门，交给工部统一管理，有助于更高效的利用稀缺的工程人操。
漕运、水道衙门并入了工部的都水清吏司，改都水清吏司中的制造诏册、官书等权力，改称都水司。负责全国的水利设施施工、维护等职能。还负责港口码头的设计和监造等职责。
虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱。周琅废除其中的掌制造、收发各种官用器物、铸钱等权力，但依然保留其规范度量衡的职能，甚至不止是公平买卖的衡器（秤等），而是按照法国科学院的模式，建立一整套更为精确的度量衡标准。引入“米、立方米、克”等基础单位，对传统单位进行规范。
这种规范是有重要的现代意义的，因为古代的标准实在是太混乱了。政府管理不严，民间出于各种目的，制作各种不一样的衡器，商人使用的秤就有大秤，小秤之分，去收购农民的农产品，普通二十二两的货物，用这种秤只能称十六两，也就是一斤。各地官府自己制作的标准衡器的差别都很大，周琅测量过各种二两一个的标准衡器，有的是重72.30克，有的重73.55克，三两的有的重110.00克，有的重109.00克，有的重110.83克，有的重110.94克。总之误差很大，不知道是技术原因还是别的什么原因。总之重量标准的制定本身就没有标准。
西方的单位制，就相对规范了，法国人做的又是最好的，1790年5月由法国科学家组成的特别委员会，建议以通过巴黎的地球子午线全长的四千万分之一作为长度单位1米。比如重量，规定1立方分米的纯水在4℃时的质量为1000克。这些在数学意义上，都比中国传统的衡器制作要精确很多。
现在官府规定一两等于37.3克，将误差缩小到了克。规定1尺等于三分之一米；1丈等于3米。除了规范传统的尺寸等度量衡，还引入了一些没有的单位，比如温度等。
这些工作都归虞衡司管理。但虞衡司的只能不止这么一点，而是大大加大了。他还负责为各行各业编制标准规范，用机器织布使用什么流程最便捷，手工织布应该怎么操作；制定质量品级体系，一尺布中有几个丝头是下品，有几个丝头是中品，上品是否能做到没有丝头等等制定各种标准的工作都归他管。
营缮清吏司，改称营缮司，全国的公共工程的施工都归他管，包括宫殿、港口、运河等等，但他只负责组织施工建设，运营、维护和监造
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