正是在这种探索精神下，崇尚“自然”的道家受到重视，无神论也开始出现，谶纬之说越来越站不住脚。公元267年，晋武帝司马炎下令废除谶纬，标志着轰轰烈烈的去神化运动兴起，孔子走下神坛。当然，这是一个很漫长的过程，直到宋朝，欧阳修还提出要删去经书中的谶纬内容。但从此，谶纬之学衰落，许多相关的书籍被彻底禁绝，没能流传下来。
三国以后最令人印象深刻的，恐怕就是，魏晋名士的放荡不羁了。他们身居高位，不好好工作，却嗜酒如命，还嗑药（五石散）、裸奔等等。这些明显不符合儒家礼仪的狂放行为，为何却在“修道士”中备受推崇呢？这是因为“僵化”的今文经学，无法提供值得奋斗的人生目标，便转而走向“叛逆”。西方的“修道士”也曾有过这种虚伪腐化的阶段。
魏晋名士还喜欢清谈。清谈不是简单的聊天，而是具有强烈宗教氛围的讨论和思辨。清谈有一定的仪式，有一定的讨论主题，大多是哲学问题。这就使得，世界观非常有深度的道家思想，常常成为清谈的主角。而既有深度，又逻辑严密的佛学思想，也在随后加入，成为另一个主角。
于是，在思想上，儒、释、道开始趋于融合。
曹操想“唯才是举”，但无济于事。他的儿子曹丕，改进察举制，提出了新的人才选拔制度：“九品中正制”。也就是，派专门官员（中正），按出身、才能、道德把人才分为九品，据此进行升降官职。这个制度原本是想给寒族一些机会，但在真正执行时，“上品无寒门”，反而大大加强了士族的地位。
士族位居高位，却没有政治理想支撑，一心热衷于“误国”的清谈。而寒族的人数庞大，负责具体事务，他们的政治影响力越来越大。
公元317年，西晋灭亡，南迁到长江流域的东晋，偏安一隅。大量北方士族也随之南迁，他们与当地寒族的斗争非常激烈。到422年，出身寒族的刘裕废除东晋，自己称帝，标志着寒族经过100年的斗争，取得了胜利。
而北方的情况不同，由于少数民族的崛起（史称五胡乱华），展开了极其动荡不安的民族大融合。
这时，蔡伦的造纸体现了“四大发明”的伟大意义。由于纸非常便宜，广泛流行，读书的成本大大降低。普通平民也有条件进学校，接受教育了。平民、寒门、士族之间的区分也越来越不明显，不同阶层趋于融合。
同时，儒学在剥离了谶纬后，表现出良好的包容性，佛教、道教非常盛行，儒释道走向融
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