拿下中都凤阳的消息传到南京令大明欣喜鼓舞，但凤阳一战同时也引来诸多非议，尤其是朱一贵在战场上下令用火炮直接朝着蚁附百姓开火，最终导致凤阳大崩溃，从而至百姓死伤无数。
为此，都察院众御史联名上书弹劾朱一贵，以行纠察之职，就连朝中其他官员也对此极为不满，尤其是各部大小官员数十人各自上书朱怡成，弹劾朱一贵视百姓如草芥，残暴狼性，要求召朱一贵回京，夺职下狱，严厉处置。
这些弹劾奏折堆的如同小山一般，可以说朱一贵此举犯了众怒，甚至有几个凤阳籍的官员还跑到宫门外磕头泣血，声声切切，恳求朱怡成为凤阳百姓做主。
对此，朱怡成把弹劾朱一贵的奏折全部留中，但同时取消了拿下凤阳对朱一贵的犒赏，此外还给凤阳发去了一份训斥，狠狠在圣旨里把朱一贵臭骂一顿，夺了他总兵职降为副总兵，这才和了把稀泥，把这件事给强按下来。
朱怡成不是什么都不懂的皇帝，作为中兴之主，他也是带兵打过仗的，尤其在事后朱一贵第一时间就送来了请罪折，奏折中详细讲述了当时的情况，同时主动自请处置。
在朱怡成看来，当时朱一贵的处置并无不当之举，如果朱一贵那时候不这么做，不仅明军阵营会被清军冲破，甚至还会给明军带来想象不到的损失。如果到那时，那么别说拿下凤阳城了，说不定明军溃败退回淮安，而清军就会趁势反击，在江北还未全部安定的情况下，整个战局就会朝着无法想象的状态发生变化。
再者，一旦朱一贵临阵退缩，主动撤退的话，那么等于开了一个坏头。要知道如今神州还未全复，清廷依旧占据着大片地区，假如清军以这种战法就能逼迫明军撤退从而赢得战争的话，那么今后的仗就根本不用再打了，到时候把几万甚至十几万的老百姓拉上战场，明军投鼠忌器之下还打什么仗？不如双手把城池全还给清军得了。
但道理归道理，这种话朱怡成是万万不能直说的。毕竟，作为大明的皇帝，神州的百姓全都是大明的子明，大明是为了推翻满清而让天下百姓挺起腰杆不再做满清的奴才，而做一个真正的明人的大明！
从一个词来表达，那就是“政治”而已，同样对此事众官员的弹劾也并没有错，尤其是御史本就行纠察之职，在这种震动天下的事情面前，如果他们不弹劾反而失职。
所以归根结底，这几乎是一笔糊涂帐，最终也以糊涂而终结。说起来，亏也就亏了朱一贵一人，原本以他的功劳，加官进爵是显而易见的，
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