依旧企图反抗的印地安人，大明也毫不留情会举起屠刀，甚至还建立了残酷的连坐制度。
自然，这些印地安人只要真心诚意地归顺大明，大明也不会亏待他们。除了文化的灌输外，大明还会教授给他们许多谋生的技能和先进的各项知识，并给予部分土地。在户籍方面虽然归化者户籍和正式大明子民稍有区别，但只要二代归化者得到新明政府的认可，归化者户籍就能转为正式大明户籍，而到那时候就可以成为真正的大明人。更不用说直接通过通婚后取得大明户籍的印地安女子了，这样一来也使得那些被大明政府的印度安部落中嫁女者屡屡不绝。
同时考虑到人口因素和所面临的其他问题，新明还发布了印地安青壮加入明军服役，只要服役满十年并能说流利汉语，或为大明战死者就能获得自己或家人的正式大明户籍的命令，这也在一定情况下缓解了新明在面临移民数量不断增长的情况下兵力不足的困惑。