移民来源的解决并不是问题的结束，而仅仅只是开始。接下来还要把这些移民运输至新明，大明的海军虽然强大，但毕竟海军有海军的责任，不可能用战舰来作为长期运输舰投入。
所以，移民的运输民间的海船就将成为主力，毕竟现在大明海贸发达，民间的运力已不亚于大明海军，从某种程度来讲甚至更有效率。
大明之前的南海海战中，就由宁波商行的海船来负责后勤，极有效地支持了这场战役的胜利。之后，在北击天津卫的战役前后，各商行的海船也负责了大量人力、物资等各方面的运输，直到现在为止，来往南北的船只依旧保持着一个极庞大的数量。
大明已经向世界迈出了脚步，随着商业的繁华和对海外的扩张，民间的商船也越来越多，而且这些商船的规模也越来越大。尤其是当大明海军开始建造新式战舰后，各大商行为了满足远航的需求，也陆续开建了大型远航武装商船，所以从这点来讲，把这个任务交给各大商行是最合适不过的。
不过，商人注重的是利益，没有利益的事商人是绝对不会做的。对于这点，朱怡成很明白，也不想去破坏这个规则。公平买卖，这是商业的基础，如果朝廷以强制性的方式要求商人进行无回报的投入，也许商人面对压力或者会答应，但长久如此朝廷的信用就将破产，而朝廷和商人之间营造的契约精神也会被破坏，这对未来是极为不利的方式。
给予部分利益，或者直接由大明朝廷雇佣商船进行运输，朱怡成这种做法得到了各大商行的赞同。当移民新明的计划开始展开后，那些商人对于新明的开拓实际是最为热心的，因为这将代表这一条全新的商路，从双方而言，更是双赢的举动。
移民一事，有条不紊地进行，朱怡成基本把这事丢给了汪景祺等人处理。不过移民之后，新明的统治是眼下最重要的事，如今的新明虽然仅仅只有两座城，可不要忘记中国人是最善于创造的人，只要中国人想去做，那怕是不毛之地都能成为鱼米之乡，何况新明这片富饶而又等待着开拓的沃土呢？
这件事，经过军机处的讨论，暂时决定在新明设置总督衙门，以统领新明军政。等待以后新明发展到一定程度后再进行府州县等具体划分。
至于总督的人选，此次立下大功的潘梦园是最为合适的，毕竟新明是一片新的国土，新明总督的职责更多的是军事，政事只不过是其中一小部分。作为海军的高级将领，潘梦园原本就有过在琉球驻军最高指挥官的经历，再加上新明两城的建立都是在
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