江北省立后，设巡抚衙门于淮安，布政使司、按察使司同设淮安，巡抚掌总，布政管民政，按察管刑律。
大顺沿明制，巡抚、布政使皆为从二品，按察使则为正三品。江北所辖扬州、淮安、徐州、通州四府知府统为正四品。
此外，淮安还设有协理漕运衙门，此衙门是在前明总督漕运衙门基础上改建而来，由正二品总督降格为正四品协理，所属理漕参政、监兑、理刑、主事等官皆六七品不等。
同前明将漕运重心放在淮安不同，大顺将漕运重心放在了山东济宁，于此地设总理漕运衙门，总理便是前明降将，曾任山东招抚大使的胡尚友。
也就是说淮安的协理漕运衙门属于山东总理衙门的分支，前者主要负责扬州至徐州段漕运事务，后者则主要负责徐州至北京的漕运段事务。
之所以如此，是因为中央政府考虑江北地区比山东繁荣，如果仍同明朝一样将漕运总督衙门设在淮安，除了让淮扬地区愈加繁荣，对于运河流经的山东地区无任何好处。
但要是将漕运总理衙门设在济宁，则能使济宁代表的山东南部地区获得一个政治及经济特权。
随着时间的发展，这个政治与经济带来的特权便可以让山东南部得到空前的发展，如此有利于整个山东地区的发展与建设。
因此在陆四的拍板下，总理漕运衙门改在了济宁。
大顺各省省会所设也大多遵循这一原则，即不将省级衙门设在人口多、经济较好地区，而是设在省内相对贫穷地区，以避免“富者更富，穷者更穷”的畸形发展现象出现。
现任淮安漕运协理是前明时期的漕运清江司主事宋庆，此人在投靠淮军后一直负责淮军的船队和辎重，后出任盐城县令负责盐业整顿。
淮扬地区改建江北省后，宋庆重新回到熟悉的漕运领域，任职漕运协理。从正七品的县令升为正四品的协理，肯定是高升，对于才36岁的宋庆而言，当真是前程锦绣，不可限量。
淮扬地区是淮军最早经营的地盘，漕运这一块恢复得也是最快，所以在宋庆的主持下，江北地区的漕运全部贯通，船只通行率也恢复到明万历时期的六成，极大促进了江北地区经济发展，也确保了北方地区的钱粮输送和贸易往来。
短期内，漕运仍将是联接大顺政权南北的大动脉，这一点哪怕志在开海远拓的陆四也不得不承认。
江北省还有一个正三品的衙门，便是设在盐城县东部海子里的江北清盐司。
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