称为宇智波斑的面具男通灵至木叶后大肆破坏。波风水门在救下玖辛奈，并安置好鸣人之后便前去迎战九尾，在用时空结界成功转移九尾的尾兽玉后，自称宇智波斑的“面具男”突然从背后偷袭，结果被波风水门用飞雷神之术脱身。
随后二人展开对决。
战斗中波风水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。
在经过两个回合的交手后，波风水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。
随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。
此时九尾仍然袭击木叶，波风水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。
水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，波风水门决定将九尾一分为二，用尸鬼封尽将九尾的阴性查克拉连同自己封入死神体内，用八卦封印将阳性查克拉封印到鸣人体内。
在对鸣人留下最后的遗言，并把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内后，水门和玖辛奈便双双去世，牺牲。】
【九尾事件平息后，宇智波一族受到了木叶高层的怀疑与排挤，另外，由于九尾事件没有宇智波家族的参与，这引发了木叶村村民的误解和不满。
同时，木叶高层重新调整了木叶村各族的布局，将宇智波一族安排到边缘地区，并使之处于一种被各大家族制衡与监视的位置。
这一系列事情也引发了宇智波一族的不满，纷纷向宇智波富岳诉苦，希望宇智波富岳讨回公道。
但为了顾全大局，宇智波富岳同意了木叶f4的安排。】
看着，看着宇智波治里差点气疯了。
宇智波富岳这垃圾。
猿飞日斩说啥就是啥，
让搬去村头也去吗？
三战过后，抚恤金，各种好处没拿到就算了。
难道不知道市区跟郊区的区别吗？
房价差了几万倍不说。
连村子的搬家费，拆迁款都没拿到。
族长就是这么当的？
md。
简直就是智障！
废物！
垃圾！
气死我了！
你心疼木叶，也没见木叶心
…。。