被包围在山里的太平军乘着清军这段时间的只围不攻，开始了内部整顿，原先的太平军主力来自于金田团营聚集的教众，即各处教众首领带领而来的各自的部下。
在率众团营后，杨秀清开始依据来者参加团营人数的多寡，分授其首领百长，先锋官，二职，这些人手下的普通士兵，对于洪秀全、杨秀清等高层人的认同感还没自己的首领高，除了那些坚定的信徒，有很多人都是为了混口饭吃而来的，不排除两者兼而有之。
如果对各首领原先的部下进行整编，很容易引起各首领的反感，进而埋下隐患，所以处理起来非常麻烦。
太平军高层将领多有看出，但苦于束手无策，没有好的解决办法，唯杨秀清却手段老辣，他趁此次清军围困，借着庆贺洪秀全登基对于前几番战斗中只要有立功表现的太平军，都加以封赏。
虽然封的都是些虚衔，还是听差的大头兵一个，但这太平军高层的恩情与重视对于士兵毕竟发了下去，这样一来，许多兵卒很容易把自己纳入太平军整体的领导体制里来，而非只停留在原本类似小团体的领导体制内。
同时这还能激发士卒们的敢死奋杀，争相进取的精神面貌，这就像是你一个普通员工因为工作稍有个突出，突然就被你的领导任命了一个虚衔，让你好好干，你自然会很想把这个虚衔变成实衔，在一段时间内，你自然会干的很卖力。
再一个，杨秀清将这些大大小小的各部乡党首领也都加封了虚衔，不光没减少他们的人马，反而给他们增加了，当初流民来混饭吃的来的不少，杨秀清将信仰坚定的信徒与流民一起给各部的部下里掺了不少。
而杨秀清之后又将各首领的手下原先兵马在会战中表现一些不错的士兵调离了出来，又各相掺到其他人的对伍里，这样各部首领手下的兵丁人数没少，反倒有所增加，反而生出一种太平天国待他们不差的感觉！
杨秀清就这样基本的解决了各部士兵一般只听命自己本地将领的隐患，各部将领也都没有什么不满。
但杨秀清却也有几部不能动的人马，即肖朝贵，韦昌辉，冯云山，石达开这几人亲自发展率领的信徒会众，包括他自己也有不少自身发展率领的会众。
这些人名义上和实际上动起来都不同以往，说起来大家都是“天父之子”，对付一家人来这一套，太有点…。
这样下来，早期太平军主力除了杨秀清借着给别人互掺沙子的机会，给自己补充了不少各部精兵，在各部的主力中占了不少优势外，太平
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