上凭借着修建城砦时的高度勉强摆脱大水的侵袭，面对如此巨大的损失已经把高野濑秀隆逼到绝路上，越是如此就越发不愿意投降认输，因为他知道此刻投降只有死路一条。
事实证明他的坚持是有用的，时值六月正是雨水最丰沛的季节。一场巨大的暴风雨席卷畿内引发近江地区的河川暴涨，倾盆大雨连下十几天让爱知川和宇曾川也随之引发洪灾泛滥。本就不坚固的河堤迅速被洪水冲出决口，反过来把堤坝外的六角军淹成落汤鸡。
六角义贤差点被气死，自以为机关算尽必然能成功，还特地用一套水攻就能轻易的收拾肥田城的叛逆，却遗忘为将之道最重要的天时之事条，洪水冲开刚修筑而并不坚固的堤坝，冲入平原上引发洪水泛滥，六角军的大寨被洪水淹到许多粮草辎重报废。
水攻失败反而搭上不少损失。事到如今已经是无法再围城的，六角义贤无奈之下只得做出勒兵后退的决定，可这个时候浅井长政却亲率一万一千军势出阵南近江，强势出现在六角军的面前摆出要决一死战的架势。
六角义贤很清楚这场合战多半是躲不掉的，可眼下军心不齐士气低落如何战斗还是个问题，他只得命令家中的谱代家臣迅速增援五千军势，这五千人是六角义贤训练的五千新兵。第一次亮相就是大战多少还有点不放心。
有这五千生力军加入使得六角家的军势膨胀到两万人，不管士气粮草的损失如何但起码在人数上还是取得一定的优势，于是双方的军势就在爱知郡附近展开对峙，直到六月底云收雨歇露出晴朗的天气，大水退去又把被掘开的堤坝重新修复，双方的大将都意识到大战即将拉开。
六角义贤率领两万大军在肥田城以南的宇曾川南岸驻扎。并派出蒲生定秀、永原重兴作为先阵大将统兵五千在野良田乡布阵，在他们的身后进藤贤盛、池田景雄、楢崎壱岐守、田中治部大夫为二阵在次第设防。
而浅井军则以百百内蔵助、矶野员昌、丁野若狭守率领先阵五千人在宇曾川北岸以肥田城为后诘布阵，总大将浅井长政则带着赤尾美作守清纲、今村氏直、安养寺氏秀、上坂刑部率领六千人作为后真驻扎在肥田城外。
经过几天的躁动还是年轻气盛的浅井长政决心发起进攻，命令矶野员昌率领五千军势强渡宇曾川，六角军的先阵大将蒲生定秀果断抓住半渡而击的宝贵机会发动突袭。五千军势迅速突袭正在渡河的浅井军，百百内蔵助所部在顽固的坚持一阵便率先崩溃。
而此时浅井长政已经开出大军要吃败仗的苗头
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