立大和国的觉庆，就能取得大义名分以及管领代的位置，从而让松永家真正取代三好家的地位。
所以，他派出了儿子松永久通参加行动，暗中撺掇年轻气盛的三好义继下令攻击将军。并且向屋子射出火箭。将军寡不敌众，受伤退入内间，留下辞世句后从容切腹。一同殉死的有政所执事摄津晴门、摄津系千代丸父子，御供众、申次众大馆陸奥守晴光和弟弟大舘伊予守晴忠，御供众、申次众畠山氏分家家主畠山次郎，御供众、一色氏分家家主一色晴家等多人。
另外，松永久秀还安排了家臣平田和泉守对付将军的另一个弟弟、在鹿苑寺担任住持的周嵩。平田和泉守也忠实的执行了他的命令，让小姓诱出并杀害了周嵩，然后将小姓杀掉灭口。于是，大和国一乘院的觉庆就成了足利家唯一的最正统继承人选。
可是，让他没有料到的是，虽然他成功的将觉庆幽闭在大和国，但是，还没等到三好三人众退出中枢，觉庆就在大觉寺当代门跡、近卫尚通之子、觉庆的舅父义俊的配合下，被将军家的御供众一色藤长、细川藤孝、仁木义政、三渊藤英等救出了大和国，然后得到六角义贤的帮助，就近躲藏在近江豪族、甲贺五十三家之一和田家的居城和田城中。
这件事发生在七月份。到了这时，松永久秀就免不了跳脚了。然而，正所谓祸不单行，对松永久秀的打击接踵而来：
八月二日，松永久秀的亲弟弟、丹波国守护代内藤宗盛（松永长赖）在黑田城被荻野直正（后来的丹波波多野家重臣、“赤鬼”赤井直正）杀死。
十月，三好三人众中的阿波国担当三好康长，联络已故三好义贤的重臣、三好长治的后见役篠原长房，捧出了被人遗忘已久、蛰居在阿波的足利义亲（后来的十四代将军足利义荣），义亲的父亲是十二代将军足利义晴之弟、号称“堺公方”的足利义维，在义辉和周嵩身死、义昭不知去向的时候，他就成为了三好家的救命稻草。只有依靠他，三好家才能再次获得统治畿内的名分，甚至洗脱杀害十三代将军足利义辉的恶名。松永久秀试图和三好三人众争夺义亲的控制权，但是没能成功，反而和三好三人众走向了决裂。他只好于十一月底进攻筒井家，试图从筒井家身上找出义昭的下落。
可是，到了十二月份，号称阿波公方的义亲在畿内遍发御教书，斥责松永久秀弑杀前代将军、号召众人讨伐松永久秀。显然，这是三好三人众的指使，但是却给永禄大逆作了最终的结论，并且一下子将松永久秀变成了畿内公敌。于是，几乎就要取
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