在朱由检的构想中，未来不管是理工学院还是其他类型的高等大学，都将会以超然的方式存在，朝廷相关衙门仅对其具有指导作用，而不是约束和管辖作用。
有事大家可以坐下来谈，相关衙门可以提出某方面的意见和建议，但在学术问题上，还是要大学自己说了算。
大学就是研究和讨论学术的地方，是一块净土，一旦被权势侵袭，那就会逐渐失去它最初的意义。
理工学院祭酒都将是礼部尚书级，将来其他大学也会依照此例，但级别可能不会这么高。
朱由检并没有打算让方以智从政。
大明不缺官员，但方以智这样的人才却是极其稀缺，如果让他从政，那大明最多就是多一个贤臣，却会失去一位能够培养大批人才的良师。
另一位名人朱舜水（朱之瑜）已经在崇祯十一年被朱由检安排进了理工学院，现在的职务是人文学院的山长，职级为正五品。
对于这位博采众长的实用主义人物，用他的思想来影响和改变举子们陈旧的观念，这才是最为关键的。
朱舜水曾经专门对实用主义做过简单的阐述。
“所谓实用者，一曰有益于自己身心，二曰有益于社会。”
“为学之道，在于近里着己，有益天下国家，不在掉弄虚脾，捕风捉影。……勿剽窃粉饰自号于人曰‘我儒者也’。处之危疑而弗能决，投之艰大而弗能胜，岂儒者哉？”
朱舜水这种先进的理念和思想，正是朱由检极为赏识的。
从厂卫暗探反馈的信息来看，在赴任人文学院这三年多来，朱舜水这种实用主义思想，正在被更多的举子所接受，而随着笛卡尔等人的到来，更是为实用主义的推广提供了一个极佳的平台。
朱由检有理由相信，只要理工学院能够创造出更多新事物，在这种示范效应下，务实作风将会在更加广泛的范围内得以推广，理工学院将会成为改变大明的人才摇篮。
但是，要想彻底打破千百年来的某些腐朽思想的禁锢，舆论的引导将会是极为重要的。
引导舆论的大杀器------报纸是不是该登场了？
如果把朱舜水、方以智等人的观点刊登与上，进行大面积大范围的传播，在辅以具体的事例，比如各地开荒拓田取得的成效、下乡举子中表现优异的一些正面典型、理工学院学以致用诞生的最新成果等等，那对整个社会的潜在影响将会是十分巨大的。
舆论的作用是无与伦比的
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