蒙元政权退回草原之后，为了防止其反扑，欧阳轩下令曹轩的第一军驻防燕云十六州，董虎的第四军驻防关中陇右，吴青的陆战军驻防卢龙和辽东、山东半岛。对于这个命令，不少霹雳军高层颇为不解，认为江南未平，北方汉地何需如此重兵布防？这三个军共有十五万余人，配备了数千门轻机枪，火炮和水冷重机枪各有上千门，根本不是蒙元政权所能对抗的。对此欧阳轩解释道，本着料敌从宽的原则，要有对真金和海都联手对付霹雳军的准备。几大蒙古汗国之间仇恨虽深，但毕竟都是成吉思汗的子孙，不得不防其重新统一。除此之外也要防止可能的叛乱，毕竟北方汉地沦落异族之手已有两三百年，短时间内并不会归心，甚至会有人会与蒙元政权里应外合。
欧阳轩也没有下令张珏和昝万寿渡江南进。一方面是长期作战之后两军需要休整，另一方面也是粮草弹药需要补充。新控制的区域虽然水土肥沃，但因战争的原因存粮并不多，秋收之后才有大量粮食以供军需。巴蜀、流求、交趾等地虽然不少存粮，但商队宝贵的运力主要用来运输弹药。实际上，南洋地区一年三熟，霹雳军可以轻易采购到大批粮食，但如果征调商船运粮，必然会影响贸易收入。故欧阳轩下令第二军和第三军原地驻防，待秋收后再进攻伯颜的伪政权。与此同时江北的剿匪、政权重建和经济恢复等事务也在同步推进，由张贵、王安节等人分别领军。
霹雳十九年九月，霹雳军第二军和第三军分别从建康和扬州城起兵，往临安城进发。与此同时，高达率军从鄂州，杨彪和杨邦宪分别率播州军从湖南的岳州和衡州，往江南西路进发。高达部和播州军在九月之前，已合力肃清了湖南的伪军，取得了杀敌万余俘敌四万余人的战绩。遭受连番打击的李恒残军，已逃到了江南西路，与黄万石所部合兵一道，龟缩在隆兴府（南昌）、赣州及洞庭湖周边的饶州、都昌城中。在他们的乞求下，伯颜又调来了二万士卒补充两人军力，还将一支一千精锐的阿速骑兵划归李恒旗下，这大大增强了两人负隅顽抗的底气。
东海舰队的任务是继续控制长江航道，并支持张弘范部水军在鄱阳湖的作战行动，后者在剿灭洞庭湖的伪军之后，已于八月前往鄱阳湖。听闻蒲寿庚在泉州犯下惊天血案，欧阳轩勃然大怒，当即下令乐全安率南海舰队南下，捉拿蒲寿庚并荡平福建路的伪军，随其前往登陆作战的，除了舰队陆战团外，还有姜才、洪福所率的一万五千士兵。两人的部下经过拣选淘汰之后，充实了大批霹雳军派来的基层军官，并配发了部分火器，
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