息已让守军胆寒，如今阿术再弃城而走，守军更加人心惶惶。畏于重炮威力，又见城门已破，守军便索性降了。在南渡之前，元军料到霹雳军舰队可能会出动，但判断其方向是在沿海地带，根本没有想到会出现在相对狭窄的内水。阿术更没有料到董文炳所率的十万水军会失败，也没有料到焦山之战败得如此之惨，如此之快。故他在扬州的城防并没有太上心，更没有构筑土木防炮工事。
真州和镇江的元军也在猛烈的舰炮火力下，弃城逃跑了。镇江城的元军往南而逃，真州城的元军则往西而逃。对此霹雳军也无可奈何，毕竟战舰不能上岸，也无兵力追击敌人。同样因为兵力原因，东海舰队也没有上岸接管城池，而是派人让城中百姓组织义军自行管理。这两城之中虽有霹雳军的暗探，但现在还不是表明身份的时候，因为元军还可能反扑进攻。按照计划，夏大根将率东海舰队继续溯水而上，在夺取建康之后，再前往鄂州和岳州，彻底歼灭元军的水师，控制建康至峡州的长江航道，以切断元军经汉水北返的道路。至于建康、扬州至出海口的航道，则由南海舰队前来接管。
此时的南海舰队官兵，在乐全安率领着忙得不亦乐乎。他们兵分三路，第一路在收缴澉浦周围堆积如山的物资和元军遗留的大批船只。董文炳身死，其麾下十万元军四处逃散，南海舰队费了九牛二虎之力，也只抓了一万余俘虏和二万民夫。第二路前去夺取舟山岛，将其作为海军作战的后勤基地和扼守江南富庶之地的前哨。流求运来的弹药和缴获物资及俘虏都将运往这里，再进行转运。第三路则是继续封锁逃到钱塘江的元军战船，并清剿临安周边五百里内海岛上的元军和海盗。