根瘤菌，能将空气中的氮固定在土壤中，故种植豆科植物能提高土地的肥力，使次年种植的土豆、红薯、玉米获得更高的产量。这个轮作方法在欧阳轩指导编写的官方农书中写得清清楚楚，被何老六何老七两兄弟拿来用了，并取得不错的效果。官方农书还指出，每年耕种完的土地，应尽量焚烧田地上的荒草和桔秆，以清除土地上的病菌和害虫。除此之外，焚烧产生的草木灰富含钾肥，也是极好的肥料。
自在羊驼大陆和南洋分别发现了鸟粪群岛之后，商船运回大量鸟粪矿石。只不过这些矿石主要是用于制造火药，连残渣也用于流求、琼州等地的甘蔗种植。如果用于巴蜀粮食种植，一则路途遥远，另一方面也是因为成本太高，经济上不可行。欧阳轩化工专业毕业，当然可以指导研究人员在实验室生产出化肥，但成本价会超过黄金，根本无法规模生产。当下根本不可能生产出低成本的化肥，除了缺乏石油等原材料外，也是因为工业设备离要求甚远。欧阳轩也想解决肥料缺乏的问题，并与余柱、李爽等高层商量过多次，得出的结论却是大力发展畜禽养殖，增加农家肥的产量。