弹药和运兵船构成威胁，甚至可能偷袭火炮战船。火炮战船造价极为昂贵，炮手的培养也极为不易，一旦被袭便是损失巨大。王立率领钓鱼城水军船小速度快，又熟悉情况，是清理这些宵小的最佳选择。只不过要找到他们藏身的湖泊河汊也是不易，一路上也耗费了不少时日。
钓鱼城水军主要清除水面威胁和障碍，而播州军主要是将沿河岸十里的蒙军堡寨摧毁，以防其威胁水上运输线路。这些堡寨多是新附军屯田的据点或瞭望塔，往往不过百余人甚至只有几十人。在战船火炮和轻型野战炮的火力下，播州军的行动十分顺利，除了少数新附军激烈抵抗之外，大部分望风而逃或做了俘虏。剽悍的播州士兵宁愿上岸打仗也不愿意呆在船上，他们把岸上的军事行动当成了活动筋骨。
在钓鱼城之时，杨文便收到了蓬溪寨和灵泉山的军情，这是吴青冒险派了精锐穿过蒙军的控制区，千辛万苦送来的情报。虽然前方军情紧急，但精于行伍的杨文深知“欲速则不达”道理，仍然是等王立率军将水面彻底清理之后，又将两岸堡寨拿下之后，才命运输船前进。虽然一路消耗，但这些运输船仍然大部分满仓满载，尤其是粮食还增加不少，这主要是新附军的各个屯垦点缴获颇丰。除此之外还俘获了数百名新附军士兵。
十月初时，杨文率军抵达了灵泉山，并重新控制了箭滩渡。攻打灵泉山的杨文仲早得知钓鱼城和霹雳军战船溯江而上的消息，两天前便撤退了。杨大渊知道霹雳军援军到来后，再无可能拿下灵泉山，也不可能控制箭滩渡，便令杨文仲率军前往蓬溪寨与其合兵一处。经过一个月余的攻防战，杨大渊损失了九百余人，而杨文仲损失了四百余人。两部合兵之后，有兵马六千五百人，对蓬溪寨的霹雳军人数优势更加明显。
在灵泉山卸下播州军之后，大部分霹雳军战船便继续北上前往潼川府和绵州，去支援黄大根的行动。眼下气温开始下降，川中各条河的水位正在缓慢下降，他们得趁水枯之前通过上游的几处浅滩。至于部分战船则留下来协助守卫灵泉山，并控制箭滩渡口。有了火炮战船的协助，杨文及下属的一千播州军要守住灵泉山和箭滩渡，并不是什么难事。
钓鱼城的水军，则在王立的率领下急速往回赶。此时钦察正率东川元帅府帐下的蒙军精锐，从青居城进犯钓鱼城。虽然如无意外蒙军很难攻占钓鱼城，但东川元帅府的新附军拥有为数不少的战船，并与宋军水师在钓鱼城上游的嘉陵江和渠江反复拉锯。这些水军可能在步军的配合下，控制住钓鱼城的周边的水道，并
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