任命之后，立即与益和后稷一起，召集天下百姓前来协助，他视察河道，并检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。
他与涂山氏女名女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路，后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬着牙没有进家门，第三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫父亲，挥动小手，和禹打招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。
而在开山凿道的过程中，自然引起了山林之中一些妖族的袭击，大禹如今还很弱小，人族对这些妖族也无奈。这些妖族很多都是新生，都不知道人族在洪荒上的地位，才会敢攻击人族，不过他们也是在找死。禹打不过这些妖族，为了治水方便，只能求助于老师多宝道人，于是多宝道人领着截教弟子斩杀驱逐这些妖族，方保大禹治水顺顺利利。