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为了照顾大禹的主角形象，羽山之战他并未在场，赶回时，只瞧见父亲鲧的尸体。
至于个别传说中，鲧尸身不腐，刨开肚子大禹降世的设定，本片是不采用的。
鲧被杀死后，大禹心灰意冷回到家乡，与涂山部落的首领之女涂山女娇成亲。
胖迪饰演的涂山女娇衣着简单古朴，美貌动人。只是角色没有多少发挥的余地，就是一个漂亮的花瓶。
镜头再转，年老体衰的尧，将帝位禅让给丁塰丰饰演的舜。
后者继位后的第一件事，便是召集大臣，询问谁能治水？
众人多推荐鲧的儿子禹，说他有巨力、神通，熟悉水情，经验丰富，是治水不二人选。舜当即命人星夜传旨，封禹为新的治水大臣。
再说天帝那边，待火德星君将鲧杀死，消了气才仔细想这一切。透过神通看洪荒大地，见人族饱受洪水侵害，气运不断下降。
而无数江河水泽中，却有妖气弥漫。玉帝作为“巫妖之战”的最大受益者，自然不能看妖族复起，转而命曾帮助过黄帝的应龙下界，又去太上老君处，求得“定海神针”，借给大禹。
见太白金星很郑重的说是借不是给，引得观众展开联想，“大禹肯定是假装不小心把定海神针扔东海里，故意不还的吧！”
“应该是，杀父之仇啊！”
《大禹治水》本质上讲，仍是一部爆米花电影，并不存在或者说追求多高的艺术价值。后面的剧情，也都是以追求震撼的场面为主。
大禹成为新的治水大臣后，靠着巨斧和定海神针，外加应龙、伯益以及诸多部落首领的协助。开山劈石，疏通河道，灭大小水妖无数。期间，更是三过家门而不入。
最终来到淮水下游，遇到吴靖饰演的水妖无支祁。也是猴子一般的模样。不过相比孙悟空，做出的形象差了些，兵器是一根乌漆嘛黑的铁棒。
在《大禹治水》设定中，无支祁就是密谋夺取人族气运，用洪水灭世的绝代妖王。而大禹跟它的这一战，是整个影片的重头戏。
因为是水妖，水中战力远超陆地与天上。大禹命人先将其引出，最后才用如意金箍棒将其绝杀。然后，化为巨熊以斧劈山，疏通淮河水道。至此，肆虐洪荒的水道全部治理，最终都奔流入海。
而后面，大禹赢得所有部落首领的推崇，并最终受禅成为新的共主。然后目光环视，面容一点点变老，最后成了唐帼镪老师的模样，又将帝位，传给了自己
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