不过商毅并不认为现在的大西军还能够复制另一时空里的成绩，首先中华军可不是清军，战斗力远超过清军，而大西军毕竟还是一支纯冷兵器的传统军队，他们的战斗力，决不会超过另一时空的水平；其次中华军的民众基础也远比清军要好得多，在清军与大西军交战的时候，在广西、广东、湖南、江西的统治都不稳定，而现在湖南、江西己经成为中华军稳固的大后方，广东、广西虽然才刚刚占领，但也基本恢了秩序，加上南京政府的财力，物资充足，比另一时的清军要强得多。
还有一点就是商毅早早下手，把李定国给挖走了，在另一时空里，李定国在南明后期的作用举足重轻，大西军出川之后，取得的辉煌战绩中，有一大半都是李定国的功劳，而现在李定国已经是中华军的一员大将了。
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其实商毅根本就没有把这些南明旧臣放在心上，还是那句话，关他们只是暂时，等国家稳定下来之后，就把他们都放了，要不然老是关着他们，也没多大意思，还要花钱养着，太不划算了。品书网
这时己经进入了后明六年、清顺治七年（1650年）四冃，在南方战场前线的各部队也都休整得差不多了，统战部也认为，可以进行第二阶段的战斗了。
不过这时战局发生了一些变化，占据云南的大西军余部，接受了永历朝廷的招安，正式加入了永历朝廷，与中华军为敌。
原来张献忠在四川战死之后。大西军在张献忠的妻子陈氏、宰相汪兆龄，和他收养的几个义子孙可望、刘文秀、艾能奇的领导下，收集溃散的大西军余部，重整队伍，率军出川南撤，从川南首先进入了贵州地区，获得了难得的喘息时佪。
而这时大西军的领导层出现了分裂，在贵州的休整期间，孙可望、艾能奇、刘文秀等人也仔细的反思了张献忠的作为，认为大西军以后不能像张献忠那样，胡乱杀人，动辄屠城，还是当以收陇人心为主。而陈氏和汪兆龄则仍然主张滥杀政策。
结果孙可望、艾能奇、刘文秀三人联手杀死了陈氏和汪兆龄，这样就形成了以三人集体领导大西军的体制。而在这三人中，孙可望的年龄最大，而且原来的地位和威信也比另二人高，因此成了三个中间的主要领导人。但重大事情，还是由三人一起商议决定。
而在整肃内部之后，三人也严令各军：自今非接斗，不得杀人。也使大西军出现了气象一新的状况，在贵州省期间，大西军基本能做到秋毫无犯。
不过贵州民贫地瘠，而且又
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