洪承畴向多铎保证，商家军在攻占了广德州之后，不会继续向南京外围进军，到并不是信口开河，而是确实有根据的。
清军和商家军在南京外围激战的时候，派出出的吴三桂、耿仲明、尚可喜三路人马也都展开了各自的攻势。
吴三桂和尼堪分兵两路入川，由尼堪领兵，由湖广施州卫进攻重庆，而吴三桂回兵关中，进取汉中，不过因为四川路途遥远，因此暂时还没有回信。而另外两路，耿仲明和韩岱进攻湖南、尚可喜和觉罗巴哈纳进攻江西，都己经取得了一些进展。
现在驻守湖南的是原明湖广巡抚何腾蛟。清军击败了大顺军，攻取了湖广北部之地以后，何腾蛟取道宁州、平江到达长沙。并在长沙设置了自己的巡抚行辕。而清军在占领了湖北之后，首要的目标是进取南京，而攻下南京之后，又和商毅连番激战，因此也没顾得上管何腾蛟，并且对何腾蛟釆用招抚手段，连续二次派人来招降何腾蛟。
但清军的招降都被何腾蛟拒绝，同时也抓住这段空闲时间在长沙安官设吏，招收残余明军，招收了原明军将领黄朝宣、张先璧、刘承胤、曹志建等几部军队，聚集了人马近两三万余人，准备以湖南为基地恢复湖广全省。
郑芝龙在福建拥立了唐王朱聿键以后，何腾蛟也奉隆武朝廷为正朔，而得到这样一位地方^H 实力派大员的归顺，朱聿键当然也十分高兴，当即任命何滕蛟为湖广总督，驻于长沙，并下令湖南各府属钱粮俱解督府，等于是给了何腾蛟在湖南的财政军大权。并任命原武昌兵巡道堵胤锡出任湖广巡抚，驻于常德，并应何腾蛟所请，任命章旷为湖南道员、傅上瑞为偏沅巡抚，湖南诸将也皆封为总兵。
朱聿键被拥立上位之后，到是颇想有一番任为，希望何腾蛟能有守住湖南为西翼，并让郑芝龙出兵守住江西为中央，而在东翼又有商毅驻守在浙江，这样一来就可以保住南方的大部份地区，和清军抗衡，并图复国。
不过和郑芝龙、商毅相比，何腾蛟手头上实力就显得十分寒酸，所依仗的不过是一些原明留下来的散兵游勇。而何滕蛟也知道指望这一批人难见大事，因此也在湖南招兵入伍，操练人马。
这时被清军击败的大顺军余部也都陆续南逃，进入湖南、江西等地区。李自成在湖北通山九宫山一带遭遇到当地民团的袭击，己经身亡。而在李自成死前，手下最力的大将刘宗敏己死于清军之手。大顺军的一号、二号人物都相继战死，大顺军也陷入群龙无首、各自为政的混乱中，诸将之中，田见秀、
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