虽然现在清军实际控制南京的地区只有三成左右，但最重要的东城却被清军占领，这里包括皇城、六部、九寺、五军留守司、内府储厍等等重要的机构，还有大部官员的住所。因此阿济格一来到皇宫，就立刻下令，招集南京的所有降官，以及宫中的太监人等来见。
在除夕之变发生以后，因为在从皇宫里逃出来的官员大部官员都住在东城，因此都没来得及逃走，就被清军封锁了东城，结果逃到钟鼓楼去的，只有二十几名官员。
其实众官员从皇宫逃出之后，清军还忙着全面占领皇城，一时并没有顾及到六部九寺，绝大数的官员，其实都还来得及出逃西北区去，但南京被攻破，皇城被占领，大部份的官员都对守住南京失去了信心，同时也认为南明己经灭亡，就算商毅再抵抗下去，也是不自量力之举，挽回不了大局了。因此众官员和商家军分兵之后，以忻城伯赵之龙、保国公朱国弼两人为首，并没有让其他人立刻回家搬请家属，而是聚集众官员一起商议，投降清军，保全自已和家属的性命安全。
这个建议也立刻得到了魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、左都御史李沾等几名重要官员的极力赞礼同向清军投降，于是众人就聚集在户部府里，由赵之龙和朱国弼两人为代表，进皇城去与清军接洽投降事宜。当然也有不少官员害怕清军，躲回到自已的府里。
韩岱闻迅之后，也没有表示接纳与否，只说自己要请示英亲王阿济格，才能决定，不过却要求各官员不得妄自行动，并且准备好各种户籍、文案、府库等等名册清军，然后听候指令。
众官员听了之后，心里也都稍稍有些安心，虽然还没有见到阿济格，但屯齐的态度还算不错，至少也算是一个好的开始，因此也各回各自的衙门，招集各衙门其他官员也在报道聚集，大家一起清点人员文件、府库的物资，只等着阿济格的招见。同时又命清军把六部九寺十三衙门全都看守起来。
但打从众官员开始忙碌起，南京城中的枪炮爆炸声音就一直响个不停，显然是商家军还在与清军激战。而众官员的表情也不尽相同，有人面带冷笑，不时还说几句什么不自量力、螳臂当车之类的话；也有人面带羞愧，不住的哀声叹气；还有人面无表情，对外界的反应一概无视，装]听见。
只有户部郎中刘成治听说众臣齐降的消息，慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报朝廷？”然后持笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”掷笔于地，然后自缢殉
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