人马还剩余了一万五六千士兵，除去少数人想弃兵归农以外，绝大多数都愿意接受训练，成为一名合格的士兵。因此商毅也将他们编成两个暂编旅，进行训练。
在这次战役期间，杭州己经组建了两个暂编旅，现在暂编旅的数量达到四个，而商毅还打算再组建二到四个暂编旅，在今年以内，再扩编两到三个正式步兵师，三到五个正式步兵旅，使浙江的正式兵力达到十二到十五万，为下一步技进徐州作准备。
接下来是俘虏处理。这次江淮战役加一次淮安之战，前后一共抓住俘虏五万六千多人，经过了筛选分辩之后，俘虏的俱体分布为：满八旗正式旗兵三千二百四十六人人；汉八旗兵以及满旗包衣、跟随一万零五百三十七人；原明军降军两万二千四百二十八人；原农民军降军一万七千一百七十九人。
现在浙江地区的各项基础建设都在紧张进行，各部门的劳动力需要量都很大，在商毅入主浙江时抓到的近三万俘虏也基本全部改造完，绝大部份都成为商家军的正式士兵，少部份虽然不愿刍兵，但也都获得了自由身，成为正式的产业工人。只剩下两千多顽固份子。这一批俘虏的到位，也能马少缓解劳力的需求。同时也是未来一个重要的兵力来源。
当然对俘虏也是区别对待，满八旗兵只是当消耗劳力，去的也是矿山、造船厂做的是最艰苦的工作，反正干到累死拉倒；汉八旗兵以及满旗包衣、跟随都是不作改造希望，只是当纯粹的劳力，在劳动若干年以后，可以考虑释放；只有明军降军和原农民军降军是商家军的重点改造对像，在劳作的同时，也要进行必要的军事训练。
而按照这样的分配方案，各部门之间也对这些俘虏展开了一场争夺，当然主要是在农业司、工建司和统战部这三个部门之间，工建司自不必说，各矿山、造船厂都是用人的大户，而且还有大量工程项目马都需要大量的人力；而农业司则需要收购、运输、屯积粮食，同样也要人手；而统战部本来是不缺人手，因为可以调用军队做事，但现在兵工厂是代归统战部管，也需要一部份专业人力。而且大部份俘虏是军队改造的对像，因此统战部也需要对俘虏有管理权。
经过了一场讨价还价之后，最终的分配为：所有的满汉八旗、以及满旗包衣、跟随都划归工建司，并自行管理，其余俘虏分为两半，工建司占一半，农业司和统战部平分另一半，但这部份俘虏的用工和管理由各部和统战部协商一致，并且保证必要的军事训练。
虽然说这样分配并不能达到这三个部门的全部要
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