回到了杭州之后，这时周世奇等穆陵关转移过来的行政人员和一批工匠早己经到达了杭州。众人见商毅回来了，也都十分高兴，因为这一分开就是半年的时间，互相之间也都十分想念，述说离别之情，讲了好一阵子。
商毅立刻招集所有的人开会，首先将王夫之向众人作了介绍，并且正式任命王夫之为文书司的主事，将直接受商毅的领导。其他人也都向王夫之的加入，表示了欢迎。
随后商毅又宣布将在杭州成立正式的行政系统，其实商毅在穆陵关时就以经建立了一个十分完善齐备的行政班子，只不过在当时有许多人都有些不理解，因为当时商毅的辖区很小，只有穆陵关和南北的两个县城，完全没有必要把幕僚的班子弄得这么复杂而细致，而现在看起，用在浙江却是正此合适，而且经过大半年的工作运行之后，也都有了一定的工作经验，现在只是把这套班子完整的移到浙江来，只需熟悉一段时间，就可以开始发辉作用了。
只不过让周世奇觉得诧意的是，难道说这是商毅早就准备好了有这一天吗？
现在己经是十一月末的时候，商毅要求各个部门用一个月的时间来熟悉情况，在新年左右，就要开始正式的开展工作了。并且提交各部门明年的工作计划。
同时商毅还对行政班子进行了一些小的调整，因为现在商毅实际的控制地区有杭州、湖州、绍兴、嘉兴、宁波五府，而且这五府的原来行政机构都被叛军破坏掉，朝廷也没有派新的官员来。商毅当然知道，大明朝廷现在那还顾得上这些事情，那么就由自已来组建五个府的地方行政机构吧，正好可以借这个机会，把这五个府的行政权力牢牢掌握在自己手里。
当然商毅派出的官员现在还不能自称知府，而是叫代理行政官员，但实际是行使知府的权力。因为杭州府是目前商家军的驻扎地，因此由周世奇来出任，绍兴府由周少卿出任，湖州府由原来的沂水县知县郑茂出任，嘉兴府和宁波府由原来十里屯和八角台村的村长赵秉义和黄东山出任。
任务分派完毕之后，商毅道：“各位，虽然你们现在只是代理官员，但我会向朝廷奏明，以后争取会让你们都成为正式官员，这一点你们尽管放心。”
众人听了，也不禁都喜形于色，因为在此之前他们中间最大的也不过是个知县，向赵秉义、黄东山也就是个村长，压根就没有做过官，现在一下子就窜到了知府的位置，不亚于一步蹬天，同时毎个人心里都明白，这完全就是受商毅的恩泽所致，因此也都死心塌地的根着商毅干下
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