奴隶的身份转化问题，在这个时代几乎不可避免，马尼拉地区也同样有大量来自东非、西亚、南亚等地的奴隶人口。据总督府里查抄出来的档案记录，目前至少有超过两千八百名登记在册的奴隶生活在马尼拉湾周边地区，而实际数字肯定还在此之上，因为按照过去西班牙殖民政府对奴隶的管理制度，这些通过官方渠道进入本地市场贩售的奴隶，奴隶主都已向马尼拉当局缴纳过税金。而为了省下这笔钱，不少奴隶主也会设法偷偷走私人口入境，“黑户”的存在这里也是很普遍的现象。
在西班牙统治时期，奴隶脱籍得到自由身可以说是概率非常小的事件，一般来说他们都不得不以下等仆从或者苦力劳工的身份为主人服务到自己进坟墓的那一天，只有极少数的幸运儿能够得到上天的眷顾。
海汉接管这里之后，一部分奴隶的主人已经在战争中死去，这些奴隶也就得以自动脱离了奴籍，成为战后的首批自由民。当然这种自由也只是相对而言，在海汉管理之下的马尼拉地区，可不是谁都能想来就来想走就走。即便是自由民，也还是需要在海汉民政部门重新登记身份，今后想要获得海汉籍，就少不了得有官方收录的个人基本资料。
海汉官方对于人口贸易的态度一向比较暧昧，不公开支持但也不会明确反对，对于西班牙人引入到马尼拉地区的奴隶人口，海汉当然是照单全收。不过这数以千计的奴隶要分门别类，核对资料，重新登记造册，对邱元主管的民政部门来说也是一个挺麻烦的工作。
对于没有主动与海汉军进行武力对抗的本地人，包括西班牙移民在内，海汉原则上还是承认其财产所有权。而这些奴隶，按照现行的法律来说，也是私人财产的一部分。但本地民众大多对新统治者的管理措施抱有疑虑，再加上有语言文化的隔阂，对马尼拉地区的人口统计工作进行得十分缓慢。邱元也不得不先参照西班牙殖民者所留下的资料，来修订自己的施政措施。
按照邱元的构想，接手马尼拉地区的行政工作之后，有两项必须要抓紧时间进行的工作，一是完成对本地人口状况的调查和登记，二是尽快组织人手恢复社会生产。
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奴隶的身份转化问题，在这个时代几乎不可避免，马尼拉地区也同样有大量来自东非、西亚、南亚等地的奴隶人口。据总督府里查抄出来的档案记录，目前至少有超过两千八百名登记在册的奴隶生活在马尼拉湾周边地区，而实际数字肯定还在此之上，因为按照
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