了手臂也谜一样的回复量异常，他用自已的AT立场中和了使徒的AT立场。
徒手破坏了使徒的防御系统，并且暴力破坏了使徒的核心。
使徒预感到即将是我，企图自爆产生猛烈爆破。
在空中升起了狮子号的光柱，而初号机从里面完美的偶组了出来。
事，碇真嗣从噩梦中惊醒，眼前是陌生的意愿天湖北。
另一方面，父亲在一个神秘地方开会他证明了EVA的价值，并且讨论补完计划的进度。
出院以后的碇真嗣在据点偶然遇到父亲。
心情复杂呀眼部发，美里看到他一个人很建模，就申请让他搬进了自已家里。
美里的家里，又脏又乱还有一只奇怪的企鹅。
但是碇真嗣却感觉这里更像一个家。
在学校中碇真嗣被同学阿东打了一顿，因为他的妹妹在上次对抗使徒入侵的时候受伤了。
碇真嗣说他只是服从命令，他想不明白，为什么驾驶EVA会导致自已被揍。
同时他也不明白，为什么同为驾驶员，绫波丽可以那么平静面对。
不久以后，另一使徒来袭，经过寻来你的碇真嗣再次驾驶初号机出战。
他用巨型武器攻击使徒，但是没有造成有效伤害。
使徒穿过极强产生的烟雾攻击初号机。
切断了初号机的电源线，而内部紧急电源只可以只从五分钟。
此时初号机被使徒丢在了山上，之前欺负碇真嗣的阿东正从避难所逃出来看使徒。
而初号机刚好落在他们旁边，碇真嗣看到他们以后，怕自已乱动伤害到他们只好操控初号机抓住使徒。
并且在美里的智慧下，安排来个同学进入驾驶舱内。
同学们看到他痛苦的样子，终于对他有所理解。
但初号机甩掉了使徒以后，美里让他们撤退。
因为初号机的备用电源只有一分钟了。
但是碇真嗣无死命令像是发了疯一般冲向使徒。
但是使徒用攻击贯穿了初号机的腹部。
但是初号机挣扎着，用高频振动离子刀刺破了使徒的核心。
在能量即将耗尽时杀死了使徒。
事后，美里问碇真嗣为什么不服从命令。
碇真嗣有气无力的说赢了不就行了，并且道歉。不管美里说什么都说是。
美里对他的态度感到不满，将他从座位上
…。。