里得知三号机被出号当成使徒处理掉了。
不知道该如何面对碇真嗣，碇真嗣却听到三号机驾驶员升还。
他终于发现了阿东是驾驶者。
碇真嗣无法接受这个事实拒绝从EVA出来。
他觉得NERV在利用自已并且微笑要进攻。
父亲说自已没有时间听儿子撒娇。
强制拉出了碇真嗣。
在睁开眼睛的时候看到班上。
班长告诉阿东他有几个泥水了三天。
只是阿东没有发现自已左腿没有了。
父亲告诉碇真嗣，自已对他很失望。
随后碇真嗣告别美里准备离开。
碇真嗣下令绫波丽驾驶，。二号机出现杂地面但是攻击无效，使徒切开了这个。
阿亮询问他为什么来。
阿亮说一旦使徒和地下解除。
而自已被开除了，但是碇真嗣可以驾驶初号机这就人类。
绫波丽拿着炸弹开始自爆攻击，但是没有伤害到使徒反而零号机失去了战斗能力。
阿亮让碇真嗣自已考虑这些，碇真嗣看着到底的同伴跑回了据点。
父亲问他为什么回来
他向父亲喊道自已是EVA的驾驶员。
此时使徒来到地下据点完全暴露，初号机及时出现双方斗的难分难解。
使徒切断了初号机的手臂随后和出号一起回到了地面。
发狂的碇真嗣要消灭使徒时候的点亮不足，使徒马上夺回了主动权。
没有电力的初号机一下一下承受着使徒的攻击丝毫不听从碇真嗣的控制。
突然完全断电的初号机睁开眼睛，进入了暴走状态。
初号机最终暴走。
父亲说一切才刚哪款爱上。
战斗过后二号机和零号机都受到了重创，要很长时间回复。
超级计算机建议大家一起转移到过去的据点。
此时初号机停止了行动，碇真嗣还在初号机里面排除新号被拒绝。
这个时候场来了内部影响，里面居然是空的。
赤木说碇真嗣被吞噬了，她说EVA不是单纯的复制品其中有着人类的十香。
美里让赤木想办法拯救碇真嗣。
赤木告诉美里碇真嗣失去自我意识，以量子状态漂流在里面。
变成了肉眼无法砍价你的昨天，而这里也将变成这个其中包括
…。。