督促当地驻军讨伐。
蓝廷瑞、廖惠等攻破通江县，林俊派遣官兵及土兵进攻获胜，杀死、溺毙的叛军有六千余人，并生擒廖惠。蓝廷瑞则奔红口与鄢本恕合兵，经过陕西、汉中三十六盘至大巴山。林俊再次派兵进攻，并获胜，叛军放弃辎重逃跑。
同年五月，鄢本恕、蓝廷瑞等人流窜掠夺蓬州、剑州。朱厚照命兵部尚书洪钟同巡抚林俊、总兵杨宏配合镇压。又派遣巡视都御史高崇熙、镇守太监韦兴同洪钟、林俊等一同镇压。次月，洪钟率军抵达四川，但是与林俊对军事部署发生冲突，因此延误军机。蓝廷瑞借此召集流散的部属，恢复士气，并攻占营山县，杀死佥事王源。
洪钟因此与林俊一同总督四川部队、陕西巡抚都御史蓝章督陕西兵，并号檄湖广河南军分压驻军，一同分兵进攻，由洪钟、林俊两人总督。湖广部队首先抵达陕西石泉县熨斗坝，叛军见此着急并祈求归降，被命抵达四川东乡县金宝寺。然而叛军意在缓兵之计，一边求降一边仍然掠杀。之后明军包围，叛军稍微退让。
六月十五日，蓝廷瑞将自己掠夺的一女子装作自己女儿，嫁给领兵土舍彭世麟为妾，以求联合彭世麟。彭世麟借此邀请叛军首领到营中庆祝，却成功设伏逮捕蓝廷瑞等人。叛军听闻此事后大败逃散，明军趁机进攻并获大胜。叛军只有廖麻子未能逮捕。战报奏上后，正德皇帝加洪钟为太子太保，林俊等人也有奖赏。朱载康本来以为此事已了结，还没来得及松口气，林俊的一份奏疏却在朝廷引起了轩然大波。四川的事情又起波澜。
林俊的奏疏主报尚书洪钟收受四川官员贿赂，隐瞒引发白莲教作乱的真相。林俊在奏疏中指出：导致四川叛乱的主要原因是巡抚四川右都御史高崇熙伙同四川官员上下其手，勾结不法商人在成都等地改道种桑，导致大批的农田被毁。镇守太监韦兴知情不报，也与这些不法贪官勾结，沆瀣一气，对朝廷隐瞒真相。尤其是镇守太监韦兴，利用手中管着锦官城的便利，盘剥织户，垄断蜀绵收购，倒卖到江南。这种不良的风气还带到了驻军，许多军官被拉下水，利用军车运输这些生丝和蜀锦，获取暴利。地方军队军纪涣散，祓大批的白莲教徒混入。这才导致了四川的动乱。总之一句话，四川官场从上至下，都烂透了。
看完这份奏疏后，正德皇帝反而处理了林俊，这是因为朱厚照宠信江彬和宦官，洪钟和韦兴收买了江彬以及皇帝身边的宦官。反而倒打一耙，诬陷林俊索贿不成，危言耸听。
正德皇帝采信了江彬的说话，反而下
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