火影调遣，有时候也会配合上忍的工作。
即便水门成为四代目，三代火影退休后，他依然也会有直属于他自己的暗部。
根仅仅忠实于团藏，是团藏建立并培养的只服从自己命令的组织。
也正是因为“团藏”与“三代目”这两个人物的割裂性，使得名义上是从属关系的暗部与根在实际上为平级。
2.根比暗部要更加神秘
暗部虽然名称叫暗部，但是其实暗部里许多高手的信息都是“半透明”的。
比如木叶的拷问专家——森乃伊比喜，在围剿干柿鬼鲛保护的雾隐暗号部的时候被鬼鲛一眼认出。
但根部却很神秘，团藏建立根的存在相较于暗部要更加神秘，根的情报保密工作要做的更好。
3.暗部不仅是暗部，但根却只是根。
暗部内其实还有很多个部门。还是森乃伊比喜这个例子，他就是暗部的刑讯审问部队长，这说明暗部内也是有其他专门的部门的。
并且这些部门会和木叶的正规部门合作。
比如动漫中森乃伊比喜和山中亥一在木叶情报部联合进行雨隐忍者的情报工作。
4.根比暗部要更加泯灭人性。
这个其实跟动漫中人物刻画也有一定的关系。
火影忍者世界从一开始塑造了“忍者只是工具”这样一点，并且这一点和主角鸣人的观点有着明显冲突，也是鸣人正确认识这个忍者世界并树立目标的起因。
“忍者的任务重要，还是同伴更为重要？如何抉择。”
木叶白牙、宇智波带土、卡卡西以及白、再不斩都被这个问题折磨很久。
虽然几人各有答案，但都为答案付出不同代价。白和再不斩更是以命为代价得到答案。
最终这一点在被提及几次之后，后期AB 放飞自我后，就不作为主要矛盾出现了，这时的忍者依然是是有血有肉的存在，会高兴会流泪。
但是根并不一样，根在压抑人性，一直强调“忍者只是工具”这一冲突的号召。
比如“新第七班”成员佐井便是典型存在，没有感情，连笑都是标志性的假笑，单纯为任务而任务，甚至很难感受到恐惧。
根的培养方式，其实就是养蛊式培养，不断地厮杀角逐出的赢家才能有生存的权利。
根部就相当于血雾之里时代的木叶暗部。
总而言之，暗部是维系忍者“阴暗”的形象，“根”是维系暗部“阴
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