经过大朝会的廷论后，明朝官场和士林间对体制改革和科举改革逐渐达成统一认识，朱厚照和内阁商议后，决定进一步推行体制改革。内阁更名为政务院，内阁首辅刘大夏为政务院院长，其余八人均为政务院副院长。撤销原六部及一应院司，重新设立各部，朱厚照参照后世，采取修改撤销合并等方式，共设立了十余个部，分别如下：吏部更名为人力资源部、户部更名为财政部、礼部更名为教育部、商部更名为商务部、税部更名为税务总署，刑部更名为刑侦部、工部更名为科技部、鸿胪寺更名为外交部、大理寺更名为司法部、都察院更名为监察部。
新增国家安全部、交通部、教育部、民生部、自然资源部、水利部、卫生部、廉政署、审计署。原内阁成员不再担任各部具体职务，只负责管辖，其中人力资源部、司法部、监察部、廉政署、审计署为独立部门，由皇帝朱厚照亲自管辖。修改原有职位品级，更名为院级、部级（署级）、府级（司级）、县级（局级）、吏级。吏员分为三级，所有官员必须从一级吏员做起。
政务院成员属于朝廷最高职级，撤销原各部职级称谓，尚书改部长，侍郎更名为司长，以此类推。撤销原省一级行政机构承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，更名为省府，最高长官为省长（部级），副省长（副部级）八人，分别管辖不同的政务部门；参照朝廷各部设立对应的部门。
兵部改组为军务院，杨一清为第一任军务院院长，下设总参谋部、总装备部、总后勤部、总训练部、军情部和八大战区，军情部由锦衣卫改制而来，西山战区更名为北平战区，负责京城和京畿之地；辽东战区负责京城以北（现东北地区）；山东战区负责山东、山西、河南；南京战区负责南京、浙江、江西、湖广；四川战区负责四川、陕西及西部，广东战区负责广东、广西、福建、海南；云南战区负责云南、贵州。
每个战区按照军务院架构设置参谋部、装备部、后勤部、训练部，设司令一人；按照作战所需设立相应的作战部队，以师为单位。朱厚照作为一国之君，自然是最高统帅，但朱厚照很清楚若是大权总揽，会导致大臣不满，到时候又会出现皇权和臣权之争，所以他选择了放权，政务院具有最高行政权，朱厚照负责立法权和军权。
梳理完体制改革后，从京师到地方开始进行轰轰烈烈的改革，科技改革开始以北方为试点，三年后推行全国。成立西山学院，为大明朝第一所高级学院，学院依旧设立在西山，西山衙署专门划分了一百亩地供学院使
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