都督荆、江、豫、雍、梁、益六州军事的司马珂，接到诏书之后，便立即对辖区内的军事进行整顿。
他荐举虞洪为振武将军、豫州都督，前往芜湖，接手庾翼的两万大军，移镇西阳郡。庾翼虽然心中不甘，但是为了保存庾家，也只能乖乖交出兵权，只带数百亲兵和一干心腹将领，退回南郡。
司马珂又荐举荀蕤为江西都督，建威将军，陆纳为司马，接替殷浩江北三万大军，仍驻历阳郡，同时以刁协为其司马，协助军事。
殷浩虽然颇有才干，但是尚非司马珂的亲信心腹，司马珂迁其为卫将军长史，带在身边留用察看，若是能用则重用之，若不能用就随便打发了之。
荐举纪睦为征虏将军、荆州都督，领荆州刺史，接领郗鉴所俘虏的庾条的兵马三万，驻兵江夏，镇守荆州之地。征虏将军也是右第三品的官职，而荆楚之地是东晋的重地，故用亲信的老将来镇守。
荐举周抚为奋武将军、益州都督，领益州刺史，接领郗鉴所俘虏之兵马两万，驻兵巴东郡，镇守益州。东晋的益州其实非常小，基本就巴东一郡了，原本汉时的益州被分为益、梁两州，后来又被氐人占据了绝大部分地区建立成国。司马珂让周抚坐镇益州，便是为西征做好准备，毕竟历史上的周抚可是坐镇蜀中，安定了三十年。历史上有现成的成功案例可抄，就没必要再用其他人，何况自从王导故去之后，周抚也是对其忠心耿耿，周抚又是荀家的女婿，足可信任。
以上将军，除了纪睦的征虏将军是右第三品，其余皆为右第四品。
六州军事，司马珂已定好其中四州之地的安排，梁州弹丸之地，暂不考虑，唯有江州之地军事，需要慎重安排。毕竟，江州也是东晋的重地之一。
司马珂的本意是想拜毛宝为辅国将军，任江州都督，驻武昌郡，镇守江州，但是他要看看毛宝的态度。
毛宝这个人，也算是战功赫赫的勇将，尤其是在平定苏峻之乱时，表现得极为抢眼。不但有登城射敌，一人射杀数十人的英勇表现，而且有两次毁敌之粮的大功。第一次是在温峤账下时，抢夺祖约的粮米，杀敌万余，令祖约之军大饥；第二次是在陶侃麾下时，烧毁了苏峻在句容、湖孰积囤的军资，令苏峻大军缺粮。
可以说，毛宝是东晋现时仅存的勇将之一了。可能是因为他太英勇善战了，导致庾亮对其始终抱着极其大的信心。
历史上，石虎派其子石鉴、夔安、李菟等名将率五万步卒，又令张貉渡率两万骑兵，合计七万
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