情时有发生，甚至出现杀害良民冒充敌人首级邀功的恶劣行径。这些虽是部下所为，但作为统帅的李成梁难辞其咎。万历十九年(1591年)，李成梁派副将李宁出战，大败而还，李成梁竟然充耳不闻。这件事传到京城，于是一些对他不满的京官开始大做文章，纷纷谴责，巡按御史胡克俭上奏弹劾，李成梁被解任回朝。李成梁被解职后，辽东再无可胜任总兵之人，“十年之间更易八帅，边备益弛”。李成梁长子李如松也是一代名将，万历中期援朝鲜为主将。万历二十五年(1597年)，李如松出任辽东总兵，但他一年之后便在与蒙古部落的交战中阵亡，辽东局势十分紧张。因此，万历二十九年(1601年)，大学士沈一贯上疏请求万历皇帝让李成梁复镇辽东，以求国泰民安，万历皇帝表示同意。这时李成梁已75岁，虽再三推辞，但没有得到皇帝恩准，于是他重新镇守辽东。而此时辽东的局势已经今非昔比，建州女真部在努尔哈赤领导下吞并了许多部落，日益强大，难以撼动。李成梁改变策略，转攻为守，以抚为主，放弃宽甸一带，将当地居民迁入内地，目的一是为坚壁清野，二是想开辟出一片利于攻防的缓冲区，遏制女真的入侵。京城里的言官们却闻讯哗然，纷纷指责李成梁放弃国土，丧权辱国。但是在万历皇帝的坚决支持下，李成梁在辽东又镇守了8年，威名不减当年，并加太傅头衔。