团队果然在接下来的和“亚当”的接触实验当中，引发了名为第二次冲击的惨案。
他们尝试用朗基努斯之枪封印住“亚当”，但是失败了。
第二次冲击的惨案发生，南极大陆化为空洞，幸运生还的年幼美里也出现在了画面之中。
她生还后还患上了失语症，很长时间才从中走出来
从此南极大陆变成控工，海平面上升数十米，就连地球的自转轴也出现偏离，灾害不断。
地球发生剧变，然而在其描述中，被高层们掩盖了下来，将其描述为一场陨石撞击的天灾，而非人祸。
而在Seele组织高层中，死海文书的内容再次得到了验证。
接着在他们的授意下，E计划启动，即复兴亚当计划。
然后他们又在死海文书内容的提示下，他们在如今新魔都市的地方发现了另外一个巨大地洞。
而Gehirn研究所就在这里建立了起来。
在这之后，E计划的进程加快，他们建造出了EVA初号机的头颅和脊髓。
冬月博士便因此被碇源堂所蛊惑，加入到了制作EVA机体的项目之中。
而就在E计划进行中，名为慕赤子的女人出现，她是超级计算机科学家，而她就是律子的母亲。
她被碇源堂重用，着力研发出了后面成为NERV总部独立系统的MAGI计算机系统。
然后……
初号机也开始着手建造，但就在这个时候，碇唯带到了此时还只是小孩子的碇真嗣来到初号机的研发基地。
然后……她就这样失踪了。
剧集里没说为什么，总之她就意外失踪了，给碇真嗣造成很大心理阴影。
他直接就此离开了新魔都市。
但碇源堂的脚步却未就此停止，零号机和初号机的研发还在继续，他还提出了一个全新的计划。
虽然他没有明说计划是什么，但是大家很清楚……
这大概就是那个被反复提及的“人类补完计划”。
接着，年幼时期的绫波丽就这样水灵灵地突然出现在了碇源堂身边。
只不过这个绫波丽……看着没有后面三无少女的那种安静恬美的模样，相反嘴角始终挂着一丝笑意。
正当大家以为是不是绫波丽也是后面发生了什么事，才变成之后碇真嗣认识的那个模样时……
赤子却是看着此时的绫波丽感觉很是熟悉……
…。。