后来，NERV总部又在火山的熔岩中发现了还在胎儿时期的第八使徒——胎天使。
他们打算派出明日香驾驶二号机将其活捉，然而后面因为使徒急速孵化成形而行动失败。
然后只能选择直接将其歼灭。
接着，在遭到人为破坏发生大面积停电时，第九使徒雨天使进攻了NERV总部。
但接着就被绫波丽、碇真嗣、明日香各自驾驶着零号机、初号机、二号机一起联手歼灭掉。
然后……
碇源堂和副司令冬月从南极洲拿回了……一把红色的交缠长枪——朗基努斯之枪！
在圣主教传说中，杀害了圣子，沾染圣血，获得了特殊意义和强大力量的弑神武器！
然后……在他们的对话中。
观众们又知道了一件事，那就是所谓动画里的十五年前发生的第二次冲击，并非是天灾。
而是人为！
因为人类的傲慢，像碇源堂那样，以为科学作为人类的武器，可以肆意妄为。
所以……引发了第二次冲击，导致了灭顶之灾的发生。
但是第二次冲击究竟是什么？
人类做了什么才会引发这么可怕的天灾发生，却还是被当做谜语保留了下来。
就在这时，使徒又来了！
这次是第十使徒，不过竟然是在月球轨道上出现的……名为空天使。
而且它后续瞄准NERV总部加速俯冲，像是一颗陨石一样，如果任由它冲击，那么连带着上面的新魔都市都会完全毁灭。
所以碇真嗣、绫波丽和明日香驾驶着三台EVA出现，合力抵挡住了空天使的冲击，并后续合力将其消灭。
然后又在接下来的EVA模拟体实验中，第十一使徒纳米级使徒恐怖天使出现，冲破了蛋白壁。
并且接着开始不断分裂繁殖，并侵蚀了NERV总部的MAGI计算机系统，促使NERV基地启动了自爆程序。
差点就毁灭了NERV总部。
但这个时候，因为MAGI计算机系统是由律子的母亲直子创造的。
所以律子站了出来，紧急修复了MAGI计算机系统，加速恐怖天使的进化，最终将其制服。
这一集可谓是压迫感十足，不是之前使徒来袭的那种压迫感。
而是来自于无形摸不着的那种恐怖，恐怖天使不愧恐怖之名。
但因为毁灭是进化的终点，所
…。。